打开HDF5文件而不修改文件时间戳

Question

我目前正在 R 中编写一个函数，用于将 Linux 计算机上的外部程序（在

HDF5

中）的输出转换为不同的文件格式。由于我的管道的结构方式，我需要保留时间戳（主要是为了重现性目的）。

我的函数目前只是包装

rhdf5::H5Fopen()

（带有额外的数据转换）

function(path_to_file){
  data <- rhdf5::H5Fopen(path_to_file,
    # preserve original file structure
    native = TRUE
  )

  data <- as.data.frame(data[["slot1"]])

  return(data)
}

但是，这会导致每次我通过该函数读取文件时时间戳（上次修改文件的时间）都会被修改。有没有办法在打开文件时保留原始时间戳？谢谢

Answer 1

通过在打开之前获取修改时间并在最后重置它来进行黑客攻击。

function(path_to_file){
  mtime <- file.info(path_to_file)$mtime
  on.exit({
    Sys.setFileTime(path_to_file, mtime)
  })

  data <- rhdf5::H5Fopen(path_to_file,
    # preserve original file structure
    native = TRUE
  )

  data <- as.data.frame(data[["slot1"]])

  return(data)
}

Answer 2

如果您以只读模式打开文件，则时间戳不会被修改，例如

library(rhdf5)

h5file <- '/tmp/h5ex_t_array.h5'
file.mtime( h5file )
#> [1] "2022-06-27 15:23:43 CEST"

fid <- rhdf5:::H5Fopen( h5file, flags = 'H5F_ACC_RDONLY' )
H5Fclose(fid)
file.mtime( h5file )
#> [1] "2022-06-27 15:23:43 CEST"

fid <- rhdf5:::H5Fopen( h5file )
H5Fclose(fid)
file.mtime( h5file )
#> [1] "2024-02-08 12:24:53 CET"

请记住，在 HDF5 中，您应该始终将打开操作与关闭配对，否则最终会出现潜在的文件锁定问题和内存泄漏。在这种情况下，那就是

H5Fclose()

。

使用

h5read()

可能会更容易，它默认使用只读并自动处理文件关闭。