从第一列到宽格式

Question

我有一个 excel 文件，标题为：trait、genotype_id、BLUE、BLUE_SE、BLUP、BLUP_SE 和 heritability。 除特征列外，所有列都包含数字。此列具有 Fe、Zn 和 S 特征。所以我在下面有 3 组数据。我希望将这些总结为基因型，所以我有类似的东西 genotype_id, BLUE_Fe, BLUE_Zn, BLUE_S, BLUE_SE_Fe 等
我如何在 R 中转换此文件，以便特征不仅是一列，而且我在不同的列中分别具有 Fe、Zn 和 S 的特征，以便之后我可以在 R 中创建相关矩阵？

我试过了

data_wide <- spread(allBLUEs, trait, BLUE)

但这显然只会将蓝色移动到相同的行中。我试过了

data_wide <- spread(allBLUEs, key = trait, value = c(BLUE, BLUE_SE, BLUP, BLUP_SE, heritability), sep = "_")

但是value term好像只能看一列？

我的资料

df=tribble(~trait,~genotype_id,~BLUE,~BLUE_SE,~ BLUP,~BLUP_SE,~ heritability,
           "Fe", 3, 47.2, 2.13, 43.0, 1.76, 0.685,
           "Fe", 386, 42.5, 2.13, 39.8, 1.76, 0.685,
           "Zn", 3, 24.4, 1.74, 23.6, 1.18, 0.456,
           "S", 386, 1253, 51.3, 1269, 38.0, 0.545)

Answer 1

我想你可以用

pivot_wider

形式

tidyr

来做。

library(tibble)
library(tidyr)
df=tribble(~trait,~genotype_id,~BLUE,~BLUE_SE,~ BLUP,~BLUP_SE,~ heritability,
           "Fe", 3, 47.2, 2.13, 43.0, 1.76, 0.685,
           "Fe", 386, 42.5, 2.13, 39.8, 1.76, 0.685,
           "Zn", 3, 24.4, 1.74, 23.6, 1.18, 0.456,
           "S", 386, 1253, 51.3, 1269, 38.0, 0.545)
df %>%
  pivot_wider(
    names_from = trait,
    values_from = BLUE:heritability
  )

#> # A tibble: 2 × 16
#>   genoty…¹ BLUE_Fe BLUE_Zn BLUE_S BLUE_…² BLUE_…³ BLUE_…⁴ BLUP_Fe BLUP_Zn BLUP_S
#>      <dbl>   <dbl>   <dbl>  <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>  <dbl>
#> 1        3    47.2    24.4     NA    2.13    1.74    NA      43      23.6     NA
#> 2      386    42.5    NA     1253    2.13   NA       51.3    39.8    NA     1269
#> # … with 6 more variables: BLUP_SE_Fe <dbl>, BLUP_SE_Zn <dbl>, BLUP_SE_S <dbl>,
#> #   heritability_Fe <dbl>, heritability_Zn <dbl>, heritability_S <dbl>, and
#> #   abbreviated variable names ¹​genotype_id, ²​BLUE_SE_Fe, ³​BLUE_SE_Zn,
#> #   ⁴​BLUE_SE_S

^{创建于 2023-04-08 与 reprex v2.0.2}