我想优化/从我的变量重要性图中删除一些东西

Question

我目前正在尝试可视化我的变量重要性图，但我的图看起来都被压扁了。我对 R 不太熟悉，所以我想问是否有人知道如何使绘图更具可读性/更好看，或者如何完全删除

MeanDecreaseGini

部分？

model <- randomForest(Y ~ ., data = data, ntree = 500, importance = TRUE, proximity = TRUE)

varImpPlot(model, n.var = 15)

我尝试使用

randomForest::varImpPlot(model, 
                        sort=FALSE, 
                        main="Variable Importance Plot")

但这并没有帮助。

Answer 1

使用玩具示例，一个选项可能是将

varImpPlot

输出（第一个图）保存为数据框，然后使用具有高度定制灵活性的

ggplot2

（第二个图）。

library(randomForest)
library(tidyverse)
library(janitor)

set.seed(4543)
data(mtcars)
rf <- randomForest(mpg ~ .,
  data = mtcars, ntree = 1000,
  importance = TRUE,
  proximity = TRUE
)

vi <- varImpPlot(rf)

vi |> 
  as_tibble(rownames = "variable") |> 
  clean_names() |> 
  pivot_longer(-variable) |> 
  ggplot(aes(value, variable)) +
  geom_col() +
  facet_wrap(~ name, scales = "free_x") +
  theme_bw() +
  labs(x = NULL, y = NULL)

^{创建于 2024-04-14，使用 reprex v2.1.0}