重新排序 newick 树，使特定的两个样本最接近

Question

我有纽维克树

((a:1, b:1):1, (c:1, d:1):1):1;

我希望特定的两个样本（a或b或c或d）彼此尽可能接近

（当然不破坏树的血统）

例如，如果我选择b和d

结果将是

((a:1, b:1):1, (d:1, c:1):1):1;

它必须适用于更复杂的样本，例如

((a:1, b:1):1, ((c:1, d:1):1, (e:1, f:1, g:1):1):1):1;

如果我选择b和f，结果一定是

((a:1, b:1):1, ((f:1, g:1, e:1):1, (c:1, d:1):1):1):1;

g、e、c、d 的顺序并不重要

Answer 1

rotateConstr

包中的

ape

函数通过一些工作模仿了预期的行为。理论上，它应该将提示彼此靠近放置，并限制提示标签的部分列表：

tr2 <- rotateConstr(tr, constraint = c("b", "f")) 在实践中，该函数在有序提示标签的完整列表上表现最佳。

tr3 <- rotateConstr(tr, constraint = c("a", "b", "f", "e", "g", "c", "d"))