zgrep 是否限制搜索模式的数量？

Question

我有以下两个命令。

# 6 million lines
"zgrep -oF -f /projects/lab.mis/index/temp_hg19.inx /projects/incoming/M1_R2.fastq.gz"
# 6 thousand lines 
"zgrep -oF -f /projects/lab.mis/index/optimize_hg19.inx /projects/incoming/M1_R2.fastq.gz"

第一个搜索包含超过 600 万个模式的文件，而第二个搜索只有 6K。

两个文件都应包含模式：“GATTCCAGATGGAGGT”

但是，只有第二个命令（具有 6K 搜索词的命令）返回匹配项。是否有一个原因？我本身没有看到任何错误消息，所以非常困惑。

Answer 1

您期望找到的字符串可能是较大文件中其他 2 个匹配字符串的一部分。

例如：

$ cat file
foobar

用一个小字符串文件来匹配：

$ cat strings1
ob

$ grep -Fof strings1 file
ob

并且使用包含较小字符串和其他字符串的较大文件：

$ cat strings2
ob
foo
bar

$ grep -Fof strings2 file
foo
bar