如何动态地在 R Studio 中拥有正确的工作目录路径？

Question

我正在尝试编写一些具有嵌套结构的代码 - 例如一个脚本使用 source() 调用另一个脚本。

由于我有一个复杂的文件/文件夹结构，并且我希望代码可以在其他计算机上重现，所以我想使用动态路径（所以不是我计算机上的路径）。我想到了这个策略 - 有一个固定的文件夹结构，然后允许脚本在这个文件夹结构中“意识到它们在哪里”。

但是我遇到了一个问题，我不知道背后的原因。 这是一个可重现的示例。想想这个文件夹结构：

├── parent folder: file "test.R"
│   ├── ChildRMD (subfolder)
│   │   ├── "test2.R"

这是否令人困惑，基本上有一个包含文件“test.R”的父文件夹，然后该父文件夹中有一个名为“ChildRMD”的子文件夹。在“ChildRMD”中还有另一个 R 脚本“test2.R”。

这些是文件的内容。

1. 测试.r

# Get the path of the current R script
current_path <- dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

setwd(current_path)

print(paste('Path in test is,',current_path))

#source(paste(current_path,'/ChildRMD/test2.R',sep=''))

2. 测试2.R

# Get the path of the current R script
current_path <- dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

setwd(current_path)

print(paste('Path in test2 is,',current_path))

如果我单独运行每个脚本，输出（请记住我评论了 test.R 中的“源”行，是：

1. 测试.r

"Path in test is, /Users/admin/Documents/temp"

2. 测试2.r

"Path in test2 is, /Users/admin/Documents/temp/ChildRMD"

看起来一切都很好。基本上，这些文件使用 dirname() 函数来实现它们的位置。因此，如果我取消注释第一行（源代码），那么 test.R 看起来像：

# Get the path of the current R script
current_path <- dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

setwd(current_path)

print(paste('Path in test is,',current_path))

source(paste(current_path,'/ChildRMD/test2.R',sep=''))

我只是运行 test.R （这将运行两个脚本，因为我在 test.R 中调用 test2.R），我得到：

[1] "Path in test is, /Users/admin/Documents/temp"
[1] "Path in test2 is, /Users/admin/Documents/temp"

这不是我所期望的，这将是：

[1] "Path in test is, /Users/admin/Documents/temp"
[1] "Path in test2 is, /Users/admin/Documents/temp/ChildRMD"

这基本上是我的问题的一个小例子。调用此 source() 命令似乎会影响文件表示其工作目录的方式，但无法说出原因。

Answer 1

有人建议使用这个包

here

，效果非常好！

如果我使用

library(here)

设置主目录，那么通过调用

here()

我会得到输出：

"/Users/admin/Documents/temp"

无论我处于层级中的哪个位置。 那么，

test.R

的路径将始终由

here('test.R')

给出，而

test2.R

的路径则由

here('ChildRMD','test2.R')

给出。然后，我可以像这样修改

test.R

脚本：

1. 测试.R

# Get the path of the current R script

print(paste('Path in test is,',here('test.R')))

source(here('ChildRMD','test2.R'))

2. 测试2.R

# Get the path of the current R script

print(paste('Path in test2 is,',here('ChildRMD','test2.R')))

如果我只运行 test.R 我有输出：

[1] "Path in test is, /Users/admin/Documents/temp/test.R"
[1] "Path in test2 is, /Users/admin/Documents/temp/ChildRMD/test2.R"

如果谁有更优雅的条件，欢迎在这里补充。