如何使用python或bash合并以下2个文件？

Question

第一个文件（制表符分隔）是

1 2 3

b 6 7 8

c 9 0 9

第二个文件（制表符分隔）是

a_rna_1 r r x

a_rna_2 q q d

a_rna_3 c c c

b_rna_1 e e e

c_rna_1 a a g

我们如何合并这两个文件以获得以下文件？

a 1 2 3 a_rna_1 r r x

a 1 2 3 a_rna_2 q q d

a 1 2 3 a_rna_3 c c c

b 6 7 8 b_rna_1 e e e

c 9 0 9 c_rna_1 a a g

有没有办法让我们自动执行此操作？

Answer 1

通常，

join

命令可以工作，但您没有完全匹配的字段；一个文件中的

a

与另一个文件中以

a_rna_...

开头的内容匹配。因此，最好的办法可能是断开第二个键与第一个键匹配的部分，并将其作为自己的字段添加到第二个文件中，然后加入。所以 像这样的：

join <(sort file1.tsv) <(sed 's/^\(.\)_/\1\t&/' file2.tsv | sort)