我使用开箱即用的Anaconda安装来使用Python。现在我已经读过,可以在此安装中“包含”R世界并在Jupyter / Ipython笔记本中使用IR内核。
我找到了安装一些着名的R软件包的命令:conda install -c r r-essentials
我的初学者的问题:
如何安装R-essential软件包中未包含的R软件包?例如CRAN上可用的R包。 “pip”仅适用于PyPI Python包,不是吗?
现在我找到了文档:
这是解释如何生成仅在CRAN存储库中可用的R包的文档:https://www.continuum.io/content/conda-data-science
转到“构建conda R包”部分。
(提示:只要在anaconda.org下可以获得R包,就可以使用此资源。请参见:https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r)
alistaire的答案是添加R包的另一种可能性:
如果您通过常规install.packages
(来自CRAN镜像)或devtools::install_github
(来自GitHub)从R内部安装软件包,它们可以正常工作。 @alistaire
如何执行此操作:打开(独立)R安装,然后运行以下命令:
install.packages("png", "/home/user/anaconda3/lib/R/library")
将新包添加到Jupyter使用的正确R库中,否则该包将安装在.libPaths()中提到的/home/user/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.2/png/libs中。
我尝试使用标准命令行CRAN存储库安装R包ggplot2,tidyverse等,并遇到了多个问题和问题。
从无法使用的“init.tcl”文件到15个字符错误的字符串。我可以使用Conda安装和WWW.Anaconda.org网站了解详情。这在Anaconda目录体系结构中安装了R软件包,可以在Anaconda Navigator的Jupyter笔记本中的终端,RStudio和R环境中的R中执行。
例如:R --slave -e "install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org')"
非常容易并且第一次工作。
[在Kubuntu 17.04上使用Anaconda Navigator 1.6.2; R版本3.3.2(2016-10-31)]
在R-essentials之外的Jupyter上安装其他R软件包
install.packages('readr', repos='http://cran.us.r-project.org')
一个问题是特定的存储库是US.R-Project
(如下所示)。我尝试了其他人,但没有用。
注:将readr
替换为要安装的任何所需包名称。
我找到了一个简单的解决方法。我想你有一个RStudio IDE。使用RStudio是很奇怪的,但是我在终端直接尝试了R,它没有用。所以,在RStudio控制台中,只需通常添加到anaconda目录的路径(在OSX中,'/ Users / yourusernamehere / anaconda / lib / R / library')
所以,例如,
install.packages('package','/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')
发布这样一个非常奇特的答案我感到很惭愧,但这是唯一对我有用的答案。
这是一个以康茄为中心的答案。它建立在弗兰克的答案和连续统一网站:https://www.continuum.io/content/conda-data-science的基础上。
一些在r-essentials中不可用的软件包仍然可以在conda频道上使用,在这种情况下,它很简单:
conda config --add channels r
conda install r-readxl
如果您需要构建一个包并使用conda进行安装:
conda skeleton cran r-xgboost
conda build r-xgboost
conda install --use-local r-xgboost
连续体网站中缺少最后一行,因为它们假设它首先发布到anaconda存储库。如果没有它,将不会在envs /目录中放入任何内容,并且命令行R或Jupyter将无法访问该包。
在mac上,我发现为包构建安装Clang编译器很重要:
conda install clangxx_oxs-64
尝试使用带有r-essentials的conda中的install_github("user/package")
从github安装软件包时遇到了问题。错误是多重的,而不是描述性的。
能够使用以下步骤解决问题:
library(devtools)
install('/path/to/unzipped-package')
install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org')
。现在它应该工作!在这里添加它,以便其他初学者已经使用Python的Jupyter笔记本并且有兴趣将它与R一起使用:可以通过终端使用用于安装基本软件包的相同命令来安装可用于Anaconda的附加软件包。
安装r-essentials
install('/path/to/unzipped-package')
安装microbenchmark(用于精确测量和比较R表达式执行时间的基础架构)
conda install -c r r-essentials
有人提出了一种不那么优雅的方式,但只要它有效,它的优雅。
install.packages( '包', '/用户/ yourusernamehere /安纳康达/ LIB / R /库')
我花了将近一整个上午寻找这个问题的答案。我能够在RStudio上安装库,但不能在Jupyter Notebook上安装(他们有不同版本的R)上面的解决方案“几乎”工作,只是我发现Jupyter笔记本试图安装在不同的目录中,它会报告目录。所以我只改变了它,它起到了魅力......感谢Dninhos
使用conda安装rpy2并在Jupyter笔记本中添加以下行。
conda install -c r r-microbenchmark
在下一个块中,您可以通过指定%R来运行任何r代码
下面是我最喜欢的安装和/或加载r包的方法
%load_ext rpy2.ipython
p_load参数将安装+加载包,如果它不在你的lib中,它只会加载它。
要从命令行安装CRAN包:
%R if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
%R pacman::p_load(dplyr, data.table, package3, package4)