conda - 如何安装“R-essentials”中没有的R软件包?

问题描述 投票:43回答:10

我使用开箱即用的Anaconda安装来使用Python。现在我已经读过,可以在此安装中“包含”R世界并在Jupyter / Ipython笔记本中使用IR内核。

我找到了安装一些着名的R软件包的命令:conda install -c r r-essentials

我的初学者的问题:

如何安装R-essential软件包中未包含的R软件包?例如CRAN上可用的R包。 “pip”仅适用于PyPI Python包,不是吗?

python r anaconda conda
10个回答
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现在我找到了文档:

这是解释如何生成仅在CRAN存储库中可用的R包的文档:https://www.continuum.io/content/conda-data-science

转到“构建conda R包”部分。

(提示:只要在anaconda.org下可以获得R包,就可以使用此资源。请参见:https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r

alistaire的答案是添加R包的另一种可能性:

如果您通过常规install.packages(来自CRAN镜像)或devtools::install_github(来自GitHub)从R内部安装软件包,它们可以正常工作。 @alistaire

如何执行此操作:打开(独立)R安装,然后运行以下命令:

install.packages("png", "/home/user/anaconda3/lib/R/library")

将新包添加到Jupyter使用的正确R库中,否则该包将安装在.libPaths()中提到的/home/user/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.2/png/libs中。


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我尝试使用标准命令行CRAN存储库安装R包ggplot2,tidyverse等,并遇到了多个问题和问题。

从无法使用的“init.tcl”文件到15个字符错误的字符串。我可以使用Conda安装和WWW.Anaconda.org网站了解详情。这在Anaconda目录体系结构中安装了R软件包,可以在Anaconda Navigator的Jupyter笔记本中的终端,RStudio和R环境中的R中执行。

例如:R --slave -e "install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org')" 非常容易并且第一次工作。 [在Kubuntu 17.04上使用Anaconda Navigator 1.6.2; R版本3.3.2(2016-10-31)]


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在R-essentials之外的Jupyter上安装其他R软件包

install.packages('readr', repos='http://cran.us.r-project.org')

一个问题是特定的存储库是US.R-Project(如下所示)。我尝试了其他人,但没有用。

注:将readr替换为要安装的任何所需包名称。


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我找到了一个简单的解决方法。我想你有一个RStudio IDE。使用RStudio是很奇怪的,但是我在终端直接尝试了R,它没有用。所以,在RStudio控制台中,只需通常添加到anaconda目录的路径(在OSX中,'/ Users / yourusernamehere / anaconda / lib / R / library')

所以,例如,

install.packages('package','/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')

发布这样一个非常奇特的答案我感到很惭愧,但这是唯一对我有用的答案。


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这是一个以康茄为中心的答案。它建立在弗兰克的答案和连续统一网站:https://www.continuum.io/content/conda-data-science的基础上。

一些在r-essentials中不可用的软件包仍然可以在conda频道上使用,在这种情况下,它很简单:

conda config --add channels r
conda install r-readxl

如果您需要构建一个包并使用conda进行安装:

conda skeleton cran r-xgboost
conda build r-xgboost
conda install --use-local r-xgboost

连续体网站中缺少最后一行,因为它们假设它首先发布到anaconda存储库。如果没有它,将不会在envs /目录中放入任何内容,并且命令行R或Jupyter将无法访问该包。

在mac上,我发现为包构建安装Clang编译器很重要:

conda install clangxx_oxs-64

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尝试使用带有r-essentials的conda中的install_github("user/package")从github安装软件包时遇到了问题。错误是多重的,而不是描述性的。

能够使用以下步骤解决问题:

  • 在本地下载并解压缩包
  • 激活正确的conda环境(如果需要)
  • 从命令行运行R.
  • library(devtools)
  • install('/path/to/unzipped-package')
  • 命令由于缺少依赖性而失败,但现在我知道缺少什么!
  • 为所有依赖项运行qazxsw poi
  • 再次运行install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org')。现在它应该工作!

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在这里添加它,以便其他初学者已经使用Python的Jupyter笔记本并且有兴趣将它与R一起使用:可以通过终端使用用于安装基本软件包的相同命令来安装可用于Anaconda的附加软件包。

安装r-essentials

install('/path/to/unzipped-package')

安装microbenchmark(用于精确测量和比较R表达式执行时间的基础架构)

conda install -c r r-essentials

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有人提出了一种不那么优雅的方式,但只要它有效,它的优雅。

install.packages( '包', '/用户/ yourusernamehere /安纳康达/ LIB / R /库')

我花了将近一整个上午寻找这个问题的答案。我能够在RStudio上安装库,但不能在Jupyter Notebook上安装(他们有不同版本的R)上面的解决方案“几乎”工作,只是我发现Jupyter笔记本试图安装在不同的目录中,它会报告目录。所以我只改变了它,它起到了魅力......感谢Dninhos


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使用conda安装rpy2并在Jupyter笔记本中添加以下行。

conda install -c r r-microbenchmark

在下一个块中,您可以通过指定%R来运行任何r代码

下面是我最喜欢的安装和/或加载r包的方法

%load_ext rpy2.ipython

p_load参数将安装+加载包,如果它不在你的lib中,它只会加载它。


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要从命令行安装CRAN包:

%R if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
%R pacman::p_load(dplyr, data.table, package3, package4)
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