R网格排列tiff显微镜RGB

Question

我有一个RGB tiff文件（来自cellProfiler），我想将其导入到R中，进行标记和排列-作为高通量分析的一部分。我得到的最接近的是使用：

library(tiff) 
library(raster)
imageTiff <- tiff::readTIFF(imagePath[i])
rasterTiff <- raster::as.raster(imageTiff)
raster::plot(rasterTiff)

raster :: plot可以很好地绘制图像，但是我无法捕获输出并将其与gridExtra一起使用或添加标签。

另外，我尝试了使用levelPlot等rasterVis以及其他多种方法来导入tiff，然后将其转换为grob或ggplots。

但是，我什么都无法工作，想问问R是否完全适合该任务？

非常感谢您的帮助！

Answer 1

好的，我认为这是最直接的方法，也可能是最明显的方法。

我分别使用jpeg :: readJPEG或tiff :: readTIFF导入JPEG或TIFF文件。两者都将图像转换为与rasterGrid（）和随后的grid.arrange等兼容的栅格格式。

library(jpeg)
library(tiff)
library(grid)
imageJPEG <- grid::rasterGrob(jpeg::readJPEG("test.jpeg"))
imageTIFF <- grid::rasterGrob(tiff::readTIFF("test.tiff"))

grid.arrange(imageJPEG , imageJPEG , imageJPEG)
grid.arrange(imageTIFF , imageTIFF, imageTIFF)

出于我的目的，这是完美的，因为asterGrob不会更改栅格矩阵值。标记可能有点棘手，但总的来说，从现在开始，这是一个网格/增长问题。