我有这样的数据集：
df <- structure(list(id = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12,
13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28,
29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40), a = c(0, 0,
0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1,
1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0), b = c(1,
1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1), c = c(0,
0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0,
1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0), d = c(1,
1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0,
0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0), e = c(0,
0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1,
1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1)), class = c("tbl_df",
"tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -40L))
我正在使用 UpSetR 来查找 a、b、c、d 和 e 之间的所有可能组合，并获得一个漂亮的图形。 这是我的代码：
library(UpSetR)
graph <- upset(df,
sets = c("a", "b", "c", "d", "e"),
order.by = "freq",
empty.intersections = "on")
如您所见，如果您尝试使用此代码，会出现一条错误消息
Error in start_col:end_col : argument of length 0
In addition: There were 12 warnings (use warnings() to see them)
Warning messages:
1: In xtfrm.data.frame(x) : cannot xtfrm data frames
2: In xtfrm.data.frame(x) : cannot xtfrm data frames
3: In xtfrm.data.frame(x) : cannot xtfrm data frames
4: In xtfrm.data.frame(x) : cannot xtfrm data frames
5: In xtfrm.data.frame(x) : cannot xtfrm data frames
6: In xtfrm.data.frame(x) : cannot xtfrm data frames
7: In xtfrm.data.frame(x) : cannot xtfrm data frames
8: In xtfrm.data.frame(x) : cannot xtfrm data frames
9: In xtfrm.data.frame(x) : cannot xtfrm data frames
10: In xtfrm.data.frame(x) : cannot xtfrm data frames
11: In xtfrm.data.frame(x) : cannot xtfrm data frames
12: In xtfrm.data.frame(x) : cannot xtfrm data frames
如何解决问题？我不明白这个问题，因为这个数据集看起来与这里用作示例的“突变”数据集完全一样https://github.com/hms-dbmi/UpSetR
我解决了这个问题。似乎在导入数据集时，在使用 UpsetR 之前将它们转换为数据帧很重要，因此
as.data.frame(df)