我写一个脚本,可以取代所有的氨基酸残基的实例在FASTA对准文件的列。使用AlignIO,我只是可以读取校准文件,并从中提取信息,但我不能修改它们的DNA序列。此外,MutableSeq模块只是可以修改字符串序列和,如果我使用SEQ对象输入,所以不能进行修改。我想找到一个模块或修改的对准文件并保存它的方法,当它处于AlignIO的结构作为后续步骤的程序对象。
只用AlignIO我的代码:
alignment = AlignIO.read(input_handle, "fasta")
for record in alignment:
if record.seq[10] == "G":
record.seq[10] = "T"
输出:
record.seq[10] = "T"
TypeError: 'Seq' object does not support item assignment
同时使用AlignIO和MutableSeq我的代码:
alignment = AlignIO.read(input_handle, "fasta")
for record in alignment[0:1, : ]:
mut_align = MutableSeq(record.seq)
mut_align.__delitem__(10)
mut_align.insert(10, "T")
print(mut_align)
输出:
del self.data[index]
TypeError: 'Seq' object doesn't support item deletion
这是一个很好的问题,我觉得你在做什么用MutableSeq
应该工作或无法清楚地向右走,而是这里是一个解决办法:
from Bio import AlignIO
alignment = AlignIO.read('test.fasta', 'fasta')
for record in alignment:
record.seq = record.seq.tomutable()
if record.seq[2] == "G":
record.seq[2] = "T"
print(record)
输出:
ID: 1
Name: 1
Description: 1
Number of features: 0
MutableSeq('ATTAG')
ID: 2
Name: 2
Description: 2
Number of features: 0
MutableSeq('AATAG')
对于输入数据:
$ cat test.fasta
>1
ATGAG
>2
AAGAG
我认为这是一个MutableSeq
对象从Seq
对象创建在你的榜样,但该方法失败的错误,这是我在这里提交的事实:https://github.com/biopython/biopython/issues/1918
这里是另一个相当低效的解决办法,重新构建字符串每次,如果你想避免使用MutableSeq
全在一起:
alignment = AlignIO.read('test.fasta', 'fasta')
for record in alignment:
if record.seq[2] == "G":
record.seq = record.seq[:2] + 'T' + record.seq[3:]
print(record)