如何从数组中正确提取PNG格式的带标签的蒙版？

Question

[我有以下file格式的Nifti，其中包含掩码，我编写了以下代码以将内部图像提取为PNG图像，问题是：

这是标记为[0。 1. 2. 3.]，将遮罩另存为PNG后，遮罩图像内的值将分布在[0-> 255]范围内，它们不只是像以前那样的4个标签！

我该如何解决这个问题？

唯一重要的是要在其中包含4个唯一标签。

预先感谢。

import nibabel as nib
import os
import glob
import numpy as np
from skimage.io import imread, imsave
#-------------------------------------------
# Multi Class Masks
path = 'Masks'
Dataset = glob.glob( os.path.join(path, '*.gz') )
ctr = 0
for image in Dataset:
    # Load masks voxel
    images = nib.load(image).get_fdata()
    print(np.unique(images))
    # Save it as PNG
    ctr+=1
    if(not os.path.exists('Dataset/masks/Case_'+str(ctr))):
        os.mkdir('Dataset/masks/Case_'+str(ctr))
    for _id in range(images.shape[2]):
        imsave(os.path.join('Dataset/masks','Case_'+
            str(ctr),str(ctr)+'_'+str(_id+1)+'.png'),
             resize(images[:,:,_id],(256,256)))
#-------------------------------------------
        imag = imread(os.path.join('Dataset/masks','Case_'+
             str(ctr),str(ctr)+'_'+str(_id+1)+'.png'))
        print(np.unique(imag))

Answer 1

只是警告您，我对Nifti数据一无所知，在这里可能是完全错误的……但是，我认为问题在于您这样做时：

fdata = nib.load(image).get_fdata()

您实际上得到了float64数据类型：

print(fdata.dtype)

和PNG格式仅处理uint8或uint16，但不处理float64。

[我假设data的形状为（630，630，45），这意味着有45片物体，每片630x630，但同样，我可能是错的。因此，我根据中间部分进行了比较集中的分析，然后将uint8并保存为PNG。我使用PIL是因为我更了解它，但是与skimage.io

大致相同Image.fromarray(fdata[...:22].astype(np.uint8)).save('result.png')

PNG是低对比度的，因为所有值在0..255的范围内都小于4，所以我用
ImageMagick

增加了对比度，以便您可以看到它：magick result.png -auto-level visible.png