R 中的数据/矩阵操作[重复]

Question

亲爱的 stackoverflow 社区，

我认为我对 R 有经验，但上周 R 证明我错了。 我认为我的问题很容易解决，但我不能，所以我向你们伸出援手！

我的一些测序数据有问题，希望它采用另一种形式的矩阵（如 OTU 表）。 这是一个非常大的数据集，因此下表只是其中的一小部分。总共有 8 个条形码，就像 14 个不同的物种。

现在处于以下矩阵/结构中：

  barcode    name         fraction
1 barcode01  Escherichia  0.2
2 barcode01  Bacteria     0.6
3 barcode02  Escherichia  0.2
4 barcode02  Bacteria     0.3
5 barcode03  Escherichia  0.4
6 barcode03  Bacteria     0.1

我希望它具有以下结构（如OTU表）：

            barcode01 barcode02 barcode03
Escherichia 0.2       0.2       0.4
Bacteria    0.6       0.3       0.1

我尝试将数据写为向量：

asv <- as.vector(test)
matrix(asv, dimnames = list(asv$barcode, asv$name))

但我收到一条错误消息：

Error in matrix(asv, dimnames = list(asv$barcode, asv$name)) : 
  length of 'dimnames' [1] not equal to array extent

有人有答案/解决方案吗？ 留意你的消息！

亲切的问候， 马尔温

Answer 1

我想你想要

library(tidyr)
data |>
  pivot_wider(names_from = barcode, values_from = fraction)
#> # A tibble: 2 × 4
#>   name        barcode01 barcode02 barcode03
#>   <chr>           <dbl>     <dbl>     <dbl>
#> 1 Escherichia       0.2       0.2       0.4
#> 2 Bacteria          0.6       0.3       0.1

^{创建于 2023-11-08，使用 reprex v2.0.2}

也许您需要在上一步中将矩阵强制为类数据框。

数据：

data <- read.table(text = "  barcode    name         fraction
1 barcode01  Escherichia  0.2
2 barcode01  Bacteria     0.6
3 barcode02  Escherichia  0.2
4 barcode02  Bacteria     0.3
5 barcode03  Escherichia  0.4
6 barcode03  Bacteria     0.1", header = TRUE)