将旧R版本包复制到包含新版本包的新文件夹中是否正确？

Question

我安装了最新版本的 r 3.5.0 并复制了旧版本 3.4.3 中的所有软件包，并将它们粘贴到当前版本文件夹 3.5 中 我认为这不是复制和粘贴软件包的好方法，因为 RStudio 要求我重新安装我调用的软件包。例如，当我安装动物园时，它给了我这个错误：

Error: package or namespace load failed for ‘zoo’:
package ‘zoo’ was installed by an R version with different internals; it 
needs to be reinstalled for use with this R version

我应该怎样做才能正确复制它们？

Answer 1

为新版本的 R 重新构建包比应对它们要安全得多。

重新构建所有包的最简单方法是将旧版本 R 中的包列表保存在文件中，然后将其加载到新版本 R 中并安装它们：

# In old version of R:
ip <- installed.packages()[,1]
write(ip,"rpackages_in_3.4.3.txt")
q()

# In new version of R:
ip_3.4.3 <- readLines("rpackages_in_3.4.3.txt")
setRepositories(graphics=FALSE, ind=1:6)
install.packages(ip_3.4.3)

还有一个包 installr 可能对此有用： https://cran.r-project.org/web/packages/installr/installr.pdf

Answer 2

编辑 2024：请注意，自 R 4.2.0 以来，情况并非如此。以下常见问题解答的链接可提供截至撰写本文时当前正确的建议。

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至少对于Windows，或许还有其他人，你所做的加上@Ben Bolker建议的正是手册所说的大多数人应该做的：

对于大多数人来说，最好的办法是将所有已安装的软件包复制到新安装中的库文件夹中，在新的 R 中运行 update.packages(checkBuilt=TRUE, Ask=FALSE)，然后删除任何内容旧安装的左侧。

来自：https://cran.r-project.org/bin/windows/base/rw-FAQ.html#What_0027s-the-best-way-to-upgrade_003f

但是，他们也通过说这是“品味问题”来限定这一点，因此，如果您找到另一种适合您的方法，我只是想指出您尝试的方法是有效的，甚至是文档建议的.

更新：我刚刚在自己的系统上更新了 R，并且由于我为我的包使用了固定位置（即路径中没有版本号），我什至没有将它们从一个地方复制到另一个地方，我只做了

update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE) 

部分，工作正常。