有没有办法将 pROC 生成的绘图保存为 .svg 或 .ai？

Question

我必须将使用 pROC 包生成的图形提交给需要可编辑图形的期刊（特别是 .svg 或 .ai 格式）。到目前为止，我只是右键单击生成的图形并将其另存为 .png。不幸的是，这对期刊来说不起作用。这是我的代码：

library(pROC)

par(pty="s")

r_lda = roc(crs$CRS, crs$tbscore_corr_lda_inv_crs)
r_cf1 = roc(crs$CRS, crs$cf1_inv)
r_cf3 = roc(crs$CRS, crs$cf3_inv)
r_gbp5 = roc(crs$CRS, crs$gbp5_inv)
r_dusp3 = roc(crs$CRS, crs$dusp3_inv)

multiple <- plot.roc(r_lda, print.auc=TRUE, auc.polygon=TRUE, auc.polygon.col = "#FFEBEE",print.thres=FALSE,
                     col=pal_pro[1], print.auc.y=0.50, print.auc.x=0.40, xlim = c(1.1,0))
multiple <- plot.roc(r_cf1, print.auc=TRUE, auc.polygon=FALSE,col=pal_pro[2], add=TRUE, print.auc.y=0.40, print.auc.x=0.40, xlim = c(1.2,0), ylim = c(0,1.2))
multiple <- plot.roc(r_gbp5, print.auc=TRUE, auc.polygon=FALSE,col=pal_pro[3], add=TRUE, print.auc.y=0.30, print.auc.x=0.40, xlim = c(1.2,0), ylim = c(0,1.2))
multiple <- plot.roc(r_dusp3, print.auc=TRUE, auc.polygon=FALSE,col=pal_pro[4], add=TRUE, print.auc.y=0.20, print.auc.x=0.40, xlim = c(1.2,0), ylim = c(0,1.2))

legend("bottom",
       legend=c("TB score", "KLF2", "GBP5", "DUSP3"),
       col=pal_pro,
       lwd=6, cex =0.5, xpd = TRUE, horiz = TRUE)
text(0.2, 0.65, "TB score",col=pal_pro[1], font=2)
text(0.5, 0.45, "KLF2",col=pal_pro[2])
text(0.8, 0.7, "GBP5",col=pal_pro[3])
text(0.55, 0.9, "DUSP3",col=pal_pro[4])

您能否提供一些有关如何将其保存为可编辑格式的建议？

我尝试使用指定了 device = "svg" 的 ggsave() 但它返回以下错误：

"Error in UseMethod("grid.draw") :
no applicable method for 'grid.draw' applied to an object of class "roc""

除此之外，其他解决方案要求我更改情节本身，但目前我无法做到。

Answer 1

使用

svglite

包将绘图写入

svg

文件。例如：

# Make some toy data
dat1 <- data.frame(x=rep(c(0,1),10), y=rnorm(20))

# Estimate a ROC
roc1 <- roc(dat1$x,dat1$y)

# Start the SVG device
svglite::svglite("rocTest.svg")

# Plot and add a text label
plot(roc1)
text(0.5,0.5,"Hi!")

# Close the device
dev.off()

注意

svglite

创建比常规 R

svg

设备更好的可编辑 svg 文件。