我需要使用函数'pheatmap'制作热图,使用UPGMA和1-pearson相关作为距离度量。我的教授声称这是默认距离度量,虽然在我的情况下它使用'欧几里德'作为距离度量。欧几里得和1 - 皮尔森的相关性是相同还是错了?如果他错了,我怎样才能为热图使用正确的距离指标?
我的意见
ph=pheatmap(avgreltlog10, color = colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7,
name = "RdYlBu")))(100),
kmeans_k = NA, breaks = NA, border_color = "grey60",
cellwidth = 10, cellheight=10, scale = "none", cluster_rows=TRUE,
clustering_method = "average", cutree_rows = 4, cutree_cols= 2,)
R输出
$tree_row
Call:
hclust(d = d, method = method)
Cluster method : average
Distance : euclidean
Number of objects: 65
$tree_col
Call:
hclust(d = d, method = method)
Cluster method : average
Distance : euclidean
Number of objects: 10
您可以通过在终端中键入不带()的函数名称来轻松检查默认设置
>pheatmap
如果你这样做,你可以看到euclidean被用作默认值:
... clustering_distance_rows = "euclidean", clustering_distance_cols = "euclidean", clustering_method = "complete", ...
要使用1-pearson相关性,只需将其指定为:
cluster_rows = TRUE,
clustering_distance_rows = "correlation"
它的工作原理是,再一次,如果您深入研究代码,您可以看到它需要cluster_mat,它执行此操作:
cluster_mat = function(mat, distance, method){
...
if(distance[1] == "correlation"){
d = as.dist(1 - cor(t(mat)))
}
...
更多信息在official document。周围有很多套餐,混合起来并不少见:)