如何在docker build中进行配置，安装和安装

Question

问题陈述

我正在构建我的计算生物信息学管道的泊坞窗，其中包含许多在管道的不同步骤将调用的工具。在此过程中，我尝试添加一个工具The ViennaRNA Package，该工具将使用源代码进行下载和编译。我尝试了多种方法在docker build中对其进行编译（如下所示），但没有一种有效。

失败的尝试

代码1：

FROM jupyter/scipy-notebook

USER root

MAINTAINER Vivek Ruhela <[email protected]>

# Copy the application folder inside the container
ADD . /test1

# Set the default directory where CMD will execute
WORKDIR /test1

# Set environment variable
ENV HOME /test1 

# Install RNAFold
RUN wget https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/download/sourcecode/2_4_x/ViennaRNA-2.4.14.tar.gz -P ~/Tools
RUN tar xvzf ~/Tools/ViennaRNA-2.4.14.tar.gz -C ~/Tools  
WORKDIR "~/Tools/ViennaRNA-2.4.14/"
RUN ./configure
RUN make && make check && make install 

错误：找不到配置文件

代码2：

FROM jupyter/scipy-notebook

USER root

MAINTAINER Vivek Ruhela <[email protected]>

# Copy the application folder inside the container
ADD . /test1

# Set the default directory where CMD will execute
WORKDIR /test1

# Set environment variable
ENV HOME /test1 

# Install RNAFold
RUN wget https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/download/sourcecode/2_4_x/ViennaRNA-2.4.14.tar.gz -P ~/Tools
RUN tar xvzf ~/Tools/ViennaRNA-2.4.14.tar.gz -C ~/Tools  
RUN bash ~/Tools/ViennaRNA-2.4.14/configure
WORKDIR "~/Tools/ViennaRNA-2.4.14/"
RUN make && make check && make install 

错误：make：***未指定目标，也未找到任何makefile。停止。

[我还尝试了另一种方式来明确告知文件位置，例如]

RUN make -C ~/Tools/ViennaRNA-2.4.14/

仍然无法使用这种方法。

预期程序

我已经使用工具文档中提到的标准步骤多次在系统中安装了此工具，>

./configure
make
make check
make install
类似地，对于docker，以下代码也可以工作

WORKDIR ~/Tools/ViennaRNA-2.4.14/
RUN ./configure && make && make check && make install
但是此代码无法正常工作，因为我看不到workdir的任何影响。我检查了configure是否在系统中正确创建了makefile。因此，它也应该在docker中创建make文件。关于为什么此代码不起作用的任何建议。

问题陈述，我正在构建我的计算生物信息学管道的泊坞窗，其中包含许多在管道的不同步骤将被调用的工具。在此过程中，我尝试添加...

Answer 1

您将提取Tools中home文件夹中的所有文件，请尝试：