有没有办法使用 circos.heatmap 在 R 中的圆形可视化中按字母顺序排列组？

Question

我使用 R 和“circlize”包。我正在尝试创建一个圆形热图，并且在组内，我想按字母顺序排序。但是，我找不到该怎么做。我怎样才能实现这个目标？

参见图1，我将有一些组，我想按字母顺序对它们进行排序。我的意思是： 例如，对于A组，我想按字母顺序排序。我应该只考虑 A 组作为对组进行排序。我会将其应用于所有组。我该怎么做？

Answer 1

您可以对数据集中的标签进行排序，并在

cluster = FALSE

中使用

circos.heatmap()

。 这是示例代码，您可以根据您的数据集进行修改。

library(circlize)
library(stringr)

set.seed(123)
mat1 = rbind(cbind(matrix(rnorm(50*5, mean=1), nr=50),
                   matrix(rnorm(50*5, mean= -1), nr=50)),
             cbind(matrix(rnorm(50*5, mean= -1), nr=50),
                   matrix(rnorm(50*5, mean=1), nr=50)))

rownames(mat1) = paste0("R",1:100)
colnames(mat1) = paste0("C", 1:10)
mat1 = mat1[sample(100, 100), ] # randomly permute rows
mat1 = mat1[str_sort(rownames(mat1), numeric = TRUE),]  #sorting the labels for heatmap
split = sample(letters[1:5], 100, replace = TRUE) 
split = factor(split, levels = letters[1:5])

#the circular heatmap
circos.clear()
col_fun1 = colorRamp2(c(-2, 0, 2), c("blue", "white", "red"))
circos.heatmap(mat1, split = split, col = col_fun1, 
rownames.side = "outside", cluster=FALSE,
rownames.col = 1:nrow(mat1) %% 10 + 1,
rownames.cex = runif(nrow(mat1), min = 0.3, max = 2),
rownames.font = 1:nrow(mat1) %% 4 + 1)