我的情况非常奇怪。昨天我写了一个小脚本。目的是根据另一个文件检查文件中的一个条件。它按预期工作。但是从今天早上开始,就没有了。据我所知,我尚未进行任何更改。该代码不会引发任何错误。我认为罪魁祸首是glob.glob
for file in glob.glob('*private.vcf.gz'):
seen = False
vcf = VCF(file)
print("test")
if not (file == "controlH.g.vcf.gz" or file == "output.g.vcf.gz"):
sample_name = file.split('.')[0]
out = "{}.FalsePositiveRefCallPurged.vcf".format(sample_name)
w = Writer(out, vcf)
for v in vcf:
seen = False
ref = VCF('output.g.vcf.gz')
for r in ref:
if seen :
break
if not seen:
if v.CHROM == r.CHROM:
if v.start == r.start or v.start > r.start and v.start < r.end:
if r.FILTER == "RefCall":
continue#print(str(v))
else:
w.write_record(v)
seen = True
w.close()
实际上是在简单运行时
glob.glob('.*private.vcf.gz')
我得到一个空清单。这是bash的输出
ls *.private.vcf.gz
D2A1.private.vcf.gz D3A1.private.vcf.gz D5B3.private.vcf.gz H2C3.private.vcf.gz H4C2.private.vcf.gz
D2B3.private.vcf.gz D4A3.private.vcf.gz H2A3.private.vcf.gz H4A4.private.vcf.gz H5A3.private.vcf.gz
所以我确定文件在那里。我真的不明白为什么突然glob.glob无法找到它们。
任何帮助将不胜感激,谢谢
好吧,似乎是一个仓库
/.ipynb_checkpoints
已创建,我的笔记本使用它作为默认目录...