如何在 C++ 中读取 HDF5 对象引用

Question

我想使用 C++ 读取一个包含对象引用数组的 HDF5 文件。我可以在 python 中得到正确的结果，但我在 C++ 中遇到了麻烦。

我尝试了教程文档中的几个 C 示例，但看起来缺少 C++ 包装器，而且很难填补空白。

H5File file = H5File("example.h5", H5F_ACC_RDONLY);  
DataSet dataset = file.openDataSet("units/electrode_group");  
H5T_class_t type_class = dataset.getTypeClass();  
cout << type_class << endl; // correctly obtains H5T_REFERENCE.    
// Need to read and apply the references next.

以下 python 代码可以完成我想要的一切，但我需要一个 c++ 版本。

import h5py               
FileName = 'example.h5'    
myHDF5file = h5py.File(FileName)  
ElectrodeGroup = myHDF5file['units/electrode_group']  
for electrodeRef in ElectrodeGroup:  
    print(myHDF5file[electrodeRef].name) 

python 代码正确打印：

/general/extracellular_ephys/shank1  
/general/extracellular_ephys/shank1  
/general/extracellular_ephys/shank2   
/general/extracellular_ephys/shank3

Answer 1

虽然 OP 使用 C API 使它工作，但如果您（像我一样）通过 Google 来到这里并想要 C++ API 答案：

HDF5 C++ API 文档很烂。我煞费苦心地将 C API 文档与我通过在 C++ API 标头中搜索并与

h5dump

告诉我的有关

.h5

的内容进行比较而发现的内容进行了交叉关联，其中包含区域引用。最终发现有两个重要的方法：

• H5::H5Location::取消引用()
• H5::H5Location::getRegion()

诀窍在于，因为

H5Location

是一个抽象类，所以您必须在具体派生类的实例上调用它们。在这个问题的情况下，人们只想要

dereference()

一个，它用引用指向的东西填充

H5Location

对象（有点不直观，恕我直言，但这就是它的作用）。在这种情况下，我们知道 ref 指向的东西是一个

DataSet

，所以我们直接创建一个

DataSet

并调用它的

dereference()

参数。 （如果您的引用是指向数据集中记录的 subset，则可以使用

getRegion()

方法获取指向所选元素的

DataSpace

。）

因为数据集包含only一组参考，我想你做这样的事情：

// create holder for the references when they're read
// references are of type `hdset_reg_ref_t`
std::vector<hdset_reg_ref_t> refs(dataset.getSpace().getSimpleExtentNdims());

// read them out of the dataset.  
// `H5::PredType::STD_REF_DSETREG` is the H5 internal type for region references
dataset.read(refs.data(), H5::PredType::STD_REF_DSETREG);

for (const auto & ref : refs)
{
  // we know these are dataset region refs,
  // so we create DataSet objects directly
  H5::DataSet ds_ref;
  // make the dataset point to the right object using the reference
  ds_ref.dereference(file, ref, H5R_DATASET_REGION);  
  std::cout << ds_ref.getObjName() << "\n";

  // if you wanted to use the corresponding DataSpace
  // (say, your region ref was to a subset of records),
  // you'd grab it by doing:
  // H5::DataSpace dspc_ref = file.getRegion(ref);
}