rpy2无法加载外部库

Question

希望有人能帮忙解决这个问题。

R版本: 2.14.1 rpy2版本: 2.2.5 python版本: 2.7.3

我尝试在python脚本中使用rpy2加载R venneuler包，其中rJava是一个依赖项。venneuler和rJava都能从R环境中成功加载。其他R库，如'stats'，'car'等也可以在python中使用rpy2的importr加载。

Python代码。

 >from rpy2 import robjects  
 >from rpy2.robjects.packages import importr  
 >venn=importr('venneuler')

导致出现以下错误

Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called ‘venneuler’
Error in .Primitive("as.environment")("package:venneuler") : 
  no item called "package:venneuler" on the search list
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/packages.py", line 117, in importr
    env = _as_env(rinterface.StrSexpVector(['package:'+name, ]))
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in .Primitive("as.environment")("package:venneuler") : 
  no item called "package:venneuler" on the search list

在排除故障的过程中，我尝试用importr直接加载rJava。

>java=importr('rJava')

得到以下错误信息

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/home/adam/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.14/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Error in .Primitive("as.environment")("package:rJava") : 
  no item called "package:rJava" on the search list
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/packages.py", line 117, in importr
    env = _as_env(rinterface.StrSexpVector(['package:'+name, ]))
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in .Primitive("as.environment")("package:rJava") : 
  no item called "package:rJava" on the search list

当我检查'homeadamRx86_64-pc-linux-gnu-library2.14rJavalibsrJava.so'时，它是存在的，并且似乎正确地链接到了java动态库（例如ldd rJava.so）。

有什么办法可以解决这个问题吗？

Answer 1

我也遇到了同样的问题，在Stack Overflow中找了好几个答案，终于在这里找到了答案：R venneuler包中有rJava作为依赖，在python中使用rpy2。在这里，我终于找到了一个答案。

错误：刚才无法加载已安装的包

跑

R CMD javareconf -e

不使用sudo或任何东西，只是作为一个普通用户，然后尝试加载库。

让我知道是否成功。对我来说是这样的。

干杯!

Answer 2

我打赌你的错误将通过使用下面的尝试而消失。

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')
utils.install_packages('rJava')

现在你可以在python中编译你的r代码了，但请确保通过使用上述尝试来安装r依赖关系。 希望这对你有用。