我有一个74x74的SNP差异成对距离矩阵,其中第一列和行对应于隔离的数字,如下所示:
26482RR 25638 26230 25689RR 25954
26482RR 0 8 0 6 0
25638 8 0 8 14 8
26230 0 8 0 6 0
25689RR 6 14 6 0 6
25954 0 8 0 6 0
M = structure(c(0L, 8L, 0L, 6L, 0L, 8L, 0L, 8L, 14L, 8L, 0L, 8L,
0L, 6L, 0L, 6L, 14L, 6L, 0L, 6L, 0L, 8L, 0L, 6L, 0L), .Dim = c(5L,
5L), .Dimnames = list(c("26482RR", "25638", "26230", "25689RR",
"25954"), c("26482RR", "25638", "26230", "25689RR", "25954")))
我想将这个矩阵转换成每对分离株的SNP差异表,如下所示:
Col Row SNP differences
26482RR 25638 8
26482RR 26230 0
26482RR 25689RR 6
26482RR 25954 0
25638 26230 8
25638 25689RR 14
25638 25954 8
...
为了绘制这些数据并将其与其他矩阵相关联。我是R的初学者,所以在经过一些搜索后我决定应用以下代码:
st1076 <- read.csv("st1076.csv", header=TRUE, sep=";")
m1 <- as.matrix(st1076)
m1 <- m1[upper.tri(m1)] <- NA
m1_melted <- reshape2:::melt.matrix(m1, na.rm = TRUE)
colnames(m1_melted) <- c("Col","Row","SNP differences")
但是,使用这段代码,我在“Col”中得到每个孤立的计数按其出现的顺序(1,2,3,4 ......)而不是相应的孤立数:
Col Row SNP differences
2 X26482RR 8
3 X26482RR 0
4 X26482RR 6
从我在其他相关问题中看到的,使用melt.matrix
应该可以解决这个问题,但它对我不起作用。
谁能帮我理解为什么会这样?你对如何克服它有什么建议吗?
我认为你的代码是正确的,除了从csv阅读。因为csvs被read.csv
解释为数据帧,所以需要一些处理来获得矩阵:
DF = read.csv("st1076.csv", sep=";", row.names=1, check.names=FALSE)
M = as.matrix(DF)
res <- reshape2::melt(replace(M, upper.tri(M), NA),
varnames = c("Col", "Row"),
value.name = "SNP differences",
na.rm = TRUE
)
head(res)
Col Row SNP differences
1 26482RR 26482RR 0
2 25638 26482RR 8
3 26230 26482RR 0
4 25689RR 26482RR 6
5 25954 26482RR 0
6 25692 26482RR 2
作为参考,我开始使用这个线程https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2010-May/237835.html然后咨询帮助文件?read.csv