如何在多个 R 脚本中使用多个参数？

Question

我是生物信息学新手，我尝试在 bash 脚本中使用多个 R 脚本：

#!/bin/bash

#Pathway of your script
Rscript /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/Script/script_analyse_complete_seq.R $1 $2 $3 &&
#$1 : pathway of the file to use
#$2 : Mabsilico table record pathway  + filename
#$3 : fasta file record pathway + filename


#Pathway of your folder containing file you record previously to apply vquest function
cd /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow

vquest --species human --receptorOrLocusType IG --fileSequences $4
#$4  pathway of the file to use for vquest
#if needed parameter here can be changer depending of what you are working on


mv vquest_airr.tsv $5
#$5 : new file name

rm Parameters.txt

#Pathway of your script
cd /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/Script

#Pathway of your script
Rscript /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/Script/script_after_vquest.R $6 $7 $8 $9 $10
#$6 : pathway of the vquest file
#$7 : proportion file record pathway + filename
#$8 : IGHV proportion file record pathway + filename
#$9 : IGKV proportion file record pathway + filename
#$10 : IGLV proportion file record pathway + filename


#Pathway of your script
cd /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/Script

#Pathway of your script
Rscript /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/Script/script_opti_comp_tableau.R $11 $12 $13 $14

#$11 : Full pathway of the first table to compare
#$12 : Full pathway of the second table to compare
#$13 : pathway to record similarity table + filename 
#$14 : pathway to record difference table + filename

echo "travail brute termine"

但是当用户想要使用它时，它看起来像这样：

sh bash_fusion.sh /home/administrateur/PycharmProjects/Roxane_10X/HD618_naive/outs/all_contig_annotations.csv /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/test_fusion/MabSilico_HD618_naive.csv /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/test_fusion/HD618_naive.fasta /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/test_fusion/HD618_naive.fasta /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/test_fusion/vquest_HD618_naive.tsv /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/test_fusion/vquest_HD618_naive.tsv /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/test_fusion/proportion_clonotype_HD618_naive.csv /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/test_fusion/IGHV_HD618_naive.csv /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/test_fusion/IGKV_HD618_naive.csv /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/test_fusion/IGLV_HD618_naive.csv /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/test_fusion/IGHV_HD618_naive.csv /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/test_fusion/IGHV_HD619_naive.csv /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/test_fusion/same_HD618vsHD619_naive.csv /home/administrateur/Bureau/guillaume/fichier_workflow/test_fusion/dif_HD618vsHD619_naive.csv 

而且它很长，并且所有参数都是位置性的，我想让它对用户更友好，比如将参数放在 bash 会读取的外部文件中，或者任何其他想法来使用户变得简单。

提前感谢您的回答！

Answer 1

这是一个 bash 脚本，可以在一定程度上简化您的工作：

#!/bin/bash
# Usage: quux.sh script1.R ... scriptN.R arg1 arg2 ... argX
# Effect:
#   Rscript script1.R arg1 arg2 arg3 arg4
#   Rscript script2.R arg5 arg6 arg7 arg8
# ... in groups of 4

SCRIPTS=()
for opt in "${@}" ; do
    if [[ "${opt}" == *".R" ]]; then
        SCRIPTS=("${SCRIPTS[@]}" "${opt}")
        shift
    else
        break
    fi
done

for SCRIPT in "${SCRIPTS[@]}" ; do
    if [[ $# -le 1 ]]; then
        break
    fi
    echo Rscript ${SCRIPT} $1 $2 $3 $4
    if [[ $# -le 4 ]]; then
        break
    else
        shift 4
    fi
done

if [ $# -gt 0 ]; then
    echo "! Unhandled arguments: ${@}" > /dev/stderr
    exit 1
fi

### quick setup, just for demonstration
$ touch script1.R script2.R script3.R script4.R

### default usage
$ ./quux.sh script*.R path1 path2 path3 path4 path5 path6 path7 path8 path9 path10 path11 path12
Rscript script1.R path1 path2 path3 path4
Rscript script2.R path5 path6 path7 path8
Rscript script3.R path9 path10 path11 path12

### partial runs, not sure if your R scripts work with this:
$ ./quux.sh script*.R path1 path2 path3 path4 path5 path6
Rscript script1.R path1 path2 path3 path4
Rscript script2.R path5 path6

### if we run out of scripts before arguments, emit an error
$ ./quux.sh script1.R path1 path2 path3 path4 path5 path6
Rscript script1.R path1 path2 path3 path4
! Unhandled arguments: path5 path6

假设：

• 始终为

  Rscript ...

  ，并且

  Rscript

  可在用户的

  PATH

中找到
• 总是4人一组

备注：

• 适用正常脚本处理，此

  quux.sh

  需要标记为可执行（

  chmod +x quux.sh

  ）；我正在使用

  ./quux.sh

  ，因为我位于当前目录中，但如果您将其移动到用户的

  PATH

  中的某个位置，那么这应该是不必要的
• 我正在使用 bash（不是

  sh

  ）及其数组和

  [[

  条件，

  /bin/sh

  不适用于此
• 如果您提供的脚本多于必要的数量，它会默默地不使用尾随脚本，这里不进行错误检查，尽管如果参数未处理（上面演示），它会出错