将SBML模型转换为可模拟的Matlab函数

Question

我正在寻找一种将SBML模型转换为Matlab函数的工具。我已经尝试过libSBML的SBMLTranslate()函数，但这会返回Matlab结构，而不是函数。有人知道这种工具是否存在吗？谢谢

Answer 1

朝这个方向至少有三项努力：

1. Frank Bergmann提供了online service for SBML translation，您可以在其中上传SBML文件，并且它将生成MATLAB文件。生成的MATLAB文件顶部的注释说明了如何使用结果。 C ++源代码为available on SourceForge。
2. 上面引用的伯格曼代码由Stanley Gu使用来创建Windows独立程序sbml2matlab。临时而言，我不知道Gu的版本是否更改或增强了Bergmann版本所使用的算法，但是很可能。 （注意：据我所知，顾先生现在在Google工作，不再维护此代码。）Systems Biology Format Converter (SBFC)是主要由Nicolas Rodriguez编写的框架；它包括一组转换器，其中一个是SBML-to-MATLAB converter。该转换器是用Java编写的。
3. 我还没有比较翻译者的结果，所以不能说输出的差异或质量。如果您尝试使用它们并且有任何反馈意见要联系，请[[请

让作者知道。知道什么对实际用户有用或不有用将有助于将来改进。

最后的警告是所有这些都是研究项目，因此请确保相应地设定您的期望。 （这不是对作者的批评；作者非常好-我个人大多数人都知道-但是学术发展工作的现实是，我们所有人都缺乏时间和资源来使这些系统变得全面，坚固，完善和完善。记录到我们希望能够达到的程度。）