等概率碱基序列

Question

我想创建一个碱基序列(A,T,G,C)，这些碱基都以相同的概率出现。这个序列应该有一个可变的长度n。你能帮助我吗？

Answer 1

python 有一个名为 random 来从一个样本中随机选择。

import random
n = 5 # set n
random_list = random.choices(range(4), k=n)
dic = {0:"A", 1:"C", 2:"G", 3:"T"}
bases_list = [dic[v] for v in random_list]
seq = ""
for item in bases_list:
    seq += item

首先，你创建了一个n个随机数的列表，范围都在[0,3]。然后你用字典将数字替换成代表碱基的字符串。

现在，当我们有了一个列表，我只是把它们放在一起，用一个字符串来创建一个序列。这就是最后三行正在做的事情。

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