如何用bash比较和分配ort多列？

Question

不幸的是，我找不到任何帖子来解决我的具体问题。也许我使用了错误的字符串进行搜索。不过，问题是这样的。

我有一个有3列的文件。我想用下面的方式对这些列进行排序：这是我的排序后的样本列表(AA, BB, CC, DD, EE)

gene1 gene2 gene3
AA    AA    AA
BB    CC    BB
EE    DD    CC

我希望有一个这样的列表。

gene1 gene2 gene3
AA    AA    AA
BB          BB
      CC    CC
      DD
EE

所以我的想法是，我可以很容易地找出哪些样本可以用于所有基因，只用于一个基因或基因的组合。我如何用bash命令来实现这个功能？

非常感谢。

Answer 1

我将尝试。

#!/bin/bash

awk '
  (NR == 1) { 
    print;
  } 
  (NR > 1){
    g[$1] = g[$2] = g[$3] = 1; 
    g1[NR] = $1; 
    g2[NR] = $2; 
    g3[NR] = $3;
  } 
  END {
    i1 = i2 = i3 = 2;
    for (key in g) {
      print (g1[i1] == key ? g1[i1++] : "  ") "   ", 
        (g2[i2] == key ? g2[i2++] : "  ") "   ",
        (g3[i3] == key ? g3[i3++] : "  ") "   "
    }
  }' genes