无效类“Graph”对象：未定义超类“mMatrix”(Seurat/R)

Question

我正在使用 Seurat 进行 RNAseq 分析，并且已经使用相同的代码一个多月了（没有问题）。 FindNeighbors 现在给出了一个错误（突然），我似乎无法修复它。 数据和代码与之前相同

all.integrated <- all.integrated %>%
  FindNeighbors(reduction = "harmony", dims = 1:30) %>%
  FindClusters(reduction = "harmony", resolution = 0.1) %>%
  RunUMAP(reduction = "harmony", dims=1:30)


> Computing nearest neighbor graph
> Computing SNN
> Error in validObject(.Object) : 
invalid class “Graph” object: superclass "mMatrix" not defined in 
the environment of the object's class

我检查了该类，它是一个SeuratObject。昨天唯一有效的是删除并重新安装 R 和 R studio（重新启动 R 没有帮助），但现在它给出了相同的错误。该怎么办？

非常感谢！！

Answer 1

我刚才也遇到了同样的问题。根据 Seurat Github 页面中的此错误报告，问题似乎来自新版本的 Matrix 包 (1.6.2)。

降级到 Matrix v1.6.1 为我解决了这个问题：

remotes::install_version("Matrix", "1.6.1")