我有一个.txt文件,我通常使用read.table()读取该文件。我得到正确的行数和列数,但是发生了一些奇怪的事情-仅在%的行上。
Annovar_IT28p_Controls <- read.table(Annovar_IT28p_Controls.path, sep="\t", fill=T, header=F)
读取表中的常规方法。那么大多数行看起来都不错:
>Annovar_IT28p_Controls[5834,]
>V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10 V11 V12 V13 V14 V15
>5834 cg06226703 0.4504018 0.2673927 12.17801 1.573464e-09 1.751673e-07 12.23631 0.1084273 0.5588291 0.4504018 2 201242945 F II SPATS2L
>V16 V17 V18 V19 V20 V21 V22 V23 V24 V25 V26 V27 V28 V29
>5834 5UTR\topensea\t5UTR-opensea rs573459706;rs540968032 29;41 intronic SPATS2L 2 201242945 201242946 0 0 cg06226703 NA
不是将\ t用作标签吗?靠近开口的地方
我已经使用R多年了,从来没有遇到过这样的事情。有人知道发生了什么吗?
Miff是正确的,我相信。 5'UTR中的“素数”被视为引号(默认为:quote = "\"'"
)。也许您可以对read.table命令禁用引号(quote=""
)。除非您在其他地方需要引号,否则应该可以解决此问题:
Annovar_IT28p_Controls <- read.table(Annovar_IT28p_Controls.path, sep="\t", fill=T, header=F, quote="")