我有与珊瑚有关的大型动物的社区数据集，我正在努力用纯素软件包对其进行分析。
[2015年对珊瑚殖民地进行了成像（五个地点的两个珊瑚物种），我们计算了每个殖民地发现的大型动物物种。在2016年和2017年，我们再次考察了相同的珊瑚群落，以计算相关的动物区系。到目前为止，这是一个重复的测量实验（Year / colonyID），但是我有两个问题：
1- 2016年和2017年重新访问的某些殖民地没有动物区系（686个殖民地中有143个），这意味着我们的样本数为零（n = 143）。这在adonis函数中测试差异性时引起问题。
adonis(F_Mat ~ Species+Site+Year, data = F_Meta, permutations = 9999)
you have empty rows: their dissimilarities may be meaningless in method �bray�missing values in results
我了解此信息，但我必须说明零个样本，因为它们代表了动物群落随时间变化的动态。我尝试了“ bray”和“ Jaccard”方法，但都给了我与上面相同的错误消息。
我用log1p (1+F_Mat )代替零来变换我的值并代替零，但是它不能用于计算alpha分集； Chaol分集索引，但适用于adonis功能。为了解决这个问题，我使用了dist.zeroes程序包中的BiodiversityR函数来处理adonis，并使用丰度矩阵作为Alpha分集。不确定是否正确的方法]
2-在以后的几年（2016和2017）中找不到2015年的某些殖民地，相反，我们为2016和2017年以前访问过[[not]]的新殖民地拍摄了图像。因此，这并不是真正的重复测量，我认为我们应该将菌落ID视为一种随机效应，但这在我所知的范围内是不可行的。 关于如何分析该数据集并解决实验性问题的任何建议？非常感谢您的帮助。
我有与珊瑚有关的大型动物的社区数据集，我正在努力用纯素软件包对其进行分析。在2015年对珊瑚殖民地进行了成像（五个地点的两个珊瑚物种），我们... [