使用Dicom RT制作面膜？

Question

我想使用 Dicom-RT 文件制作肿瘤区域的掩模？有什么软件可以做到这一点吗？我有一系列 dicom-RT 的 MRI 序列，其中包括肿瘤块的边界。我想通过制作掩模来读取肿瘤块内的像素强度。

谢谢

Answer 1

您可以使用 dycompiler ： https://github.com/bastula/dicompyler 如果有必要，您可以添加插件

Answer 2

DICOM 中掩码编码的典型用途是掩码减法。您可以将肿瘤块区域存储为覆盖平面或灰度软拷贝演示状态对象中的图形数据（0070、0022）。支持折线、椭圆、插值等图形类型。更多信息请参考 DICOM 标准 PS3.3 A.33.1.1 灰度软拷贝呈现状态 IOD 描述

Answer 3

是的，您可以使用 3D Slicer 软件从 DICOM-RT 文件创建肿瘤区域的掩模。此外，Python 库 pydicom、SimpleITK、rt-utils 和 DicomRTTool 可以处理这些文件，以提取肿瘤边界并将其应用为 MRI 序列上的掩模，从而允许您读取掩模肿瘤区域内的像素强度。

import pydicom 
ds = pydicom.dcmread('path_to_your_RT_file.dcm')
for rt_structure_set in ds.StructureSetROISequence: 
    print(rt_structure_set.ROIName)