如何在Jupyter中使用rpy2设置自定义R安装？

Question

我有一个conda环境，通过运行以下命令，它可以作为Jupyter实例的内核使用：python -m ipykernel install --user --name my-env-name --display-name "Python (my-env-name)"

在这种环境下，我想在Jupyter中使用R，以利用rpy2的%load_ext rpy2.ipython命令启用%%R魔术。但是，rpy2使用的是我的全局R，而不是我的conda环境中安装的全局R（我在Jupyter笔记本（%run -m rpy2.situation）中通过source检查）。

如何使我的Jupyter笔记本从我的conda环境中加载R安装？

Answer 1

有两种解决方法，一种是本地的（对于Jupyter笔记本而言）和一种全局的（对于内核本身）。两者都与设置R_HOME环境变量有关。

Local（source）：在Jupyter笔记本中调用%load_ext rpy2.ipython之前，运行：

import os
os.environ['R_HOME'] = '/home/your/anaconda3/envs/my-env-name/lib/R' #path to your R installation

Global：通过以下命令找到您的内核目录：jupyter kernelspec list，然后编辑文件kernel.json。通过添加以下内容来更新JSON："env": {"R_HOME":"/home/your/anaconda3/envs/my-env-name/lib/R"}，然后重新启动内核（您可能还必须重新启动Jupyter）。