在保留Date，R的同时在特定窗口内移动平均值

Question

我有一个50层的大型rasterstack，我想计算平均值和最大值，移动窗口为10.我想要的例子是计算层1:10和11:20的平均值等等（所以在共5个平均栅格）。同时，我想根据我使用的功能（例如栅格的最大值或平均日期）保留我的图层的日期。

到目前为止，我已尝试过以下但速度非常慢。任何人都可以帮我更有效地做到这一点吗？

考虑将s_all作为我的栅格堆栈：

for(i in 1:5){
  t[[i]]<-calc(
            s_all[[((i-1)*10 + 1):((i-1)*10 + 10)]], 
            fun = mean, na.rm = T)
  t@z$Date[[i]]<-mean.Date(as.Date(
                              c(s_all@z$Date[[((i-1)*10 + 1)]],
                              s_all@z$Date[[((i-1)*10 + 10)]])))
}

编辑样本数据

r <- raster(ncol=10, nrow=10, vals=1:100)
s_all <- stack(replicate(50, r))
d<-sample(seq(as.Date('1999/01/01'), as.Date('2000/01/01'), by="day"), 50)
s_all<-setZ(s_all,d[],"Date")

Answer 1

你说你想要一个“移动平均线”，但这不是你所描述的（移动平均线将返回相同数量的层，具有局部平滑值）。你描述的是层数为10的层的聚合。你可以用stackApply或aggregate得到它。

我更改了您的示例数据以使值有一些变化，我没有随机化日期。

library(raster)
r <- raster(ncol=10, nrow=10)
s <- stack(lapply(1:50, function(i) setValues(r, i)))
d <- seq(as.Date('1999/01/01'), as.Date('2000/01/01'), by="day")[1:50]
s <- setZ(s, d, "Date")

对于stackApply，你需要一个索引：

idx <- rep(1:5, each=10)
ss <- stackApply(s, idx, mean)

鉴于聚合的层数是恒定的，您也可以使用aggregate

sss <- aggregate(s, c(1,1,10), mean)

现在，设置一个新的日期，这里我使用最大值。

newd <- tapply(getZ(s), idx, max)
newd <- as.Date(newd, origin="1970-01-01")
ss <- setZ(ss, newd, "Date")

ss
#class      : RasterBrick 
#dimensions : 10, 10, 100, 5  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
#resolution : 36, 18  (x, y)
#extent     : -180, 180, -90, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#crs        : +proj=longlat +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
#source     : memory
#names      : index_1, index_2, index_3, index_4, index_5 
#min values :     5.5,    15.5,    25.5,    35.5,    45.5 
#max values :     5.5,    15.5,    25.5,    35.5,    45.5 
#Date       : 1999-01-10, 1999-01-20, 1999-01-30, 1999-02-09, 1999-02-19