我很高兴地注意到Github Desktop让我在Sublime Text中打开一个回购。它似乎打开了回购作为一个项目，但我很难弄清楚如何编辑回购的项目偏好。具体来说，我想添加file_exclude_patterns。
我在Sublime中尝试过Project > Save Project As...，但是当我通过Github Desktop打开repo时，它会打开两个Sublime窗口：一个尊重我的项目首选项，一个忽略它们。
从你的问题描述中，听起来你可能会遇到hot_exit设置的问题。当打开该设置（这是默认设置）时，无论何时退出Sublime，它都会在退出之前将所有打开的窗口的状态保存到会话文件中。
该会话文件包含每个打开的窗口，每个窗口中打开的文件，滚动位置，选择，文件未保存的任何更改等的列表。当您重新启动Sublime时，它会加载会话文件并将其状态恢复到以前的状态，从而无缝地将您恢复到之前的状态。
其中一个潜在的意外副作用是每次启动Sublime时都会恢复会话。因此，如果您在窗口中打开了一个项目，并且退出，Sublime会保留一条记录，表明您有一个包含该项目的窗口。如果你启动它并告诉它打开同一个项目，它将首先恢复会话然后打开项目，从而产生两个窗口。
因此，关闭hot_exit可能会为您解决这个问题。当它关闭时，会话信息不会被保存，Sublime每次都会以或多或少的“新鲜”状态启动。这样做的缺点是，系统将提示您保存所有未保存的文件，打开文件列表丢失等。根据您的使用情况，这可能是也可能不是问题。
如果你已经有了这个设置并且这仍然发生，那么问题是GitHub for Windows正在打开项目和文件夹，这将导致两个窗口。在那种情况下，没有太多事情可做，但是捅了负责GitHub for Windows的人并告诉他们修复他们的代码。
另一方面，如果你关闭hot_exit，你得到一个窗口，但它不尊重你的项目首选项，那么问题是GitHub for Windows只打开文件夹，而不是sublime-project文件。
在那种情况下，不幸的是，没有很多工作要做。 Sublime不会加载sublime-project文件只是因为它恰好包含在一个文件夹中，因为可以想象其中有很多（例如，许多人将他们的项目文件保存在一个文件夹中）。
如果Sublime与sublime-project文件相关联，那么打开sublime-project文件将导致Sublime为您打开项目，因此这也是可能的。
除此之外，你或多或少都在使用Project > Switch Project或Project > Quick Switch Project这样的东西，让窗口显示你想要的东西;但是，就开放项目而言，这并不是很方便。