R irlba稀疏数据表示

Question

如果我只是做错了，请告诉我......

我有一个47,194行，27列数字矩阵，有一些缺失值。我正在尝试使用irlba来计算矩阵因子。在之前的所有R项目中，我都使用NA表示缺少数据。当我使用irlba时，我收到数据丢失的错误。我如何指出一个值丢失，irlba在分解矩阵时应该忽略它？

值得注意的是：irlba的文档不包含稀疏数据。每个元素都有一个值。有些值为零的示例，但我不能这样做，因为它会将值设为零，而不是忽略该值。

代码示例请求：

M = matrix(c(1,2,3,4,NA,6,7,8,9), nrow(3))
S = irlba(M,2)

我希望irlba将NA识别为缺失值并忽略它。相反，它失败并声明M包含缺失值。我已经尝试过null，。，空值等等......我相信有一个特殊的符号“忽略这个元素”，这是我以前从未见过的。

Answer 1

我没有使用irlba，而是发现SVDmiss执行相同的功能。给定一个简单的矩阵，例如：

M = matrix(c(1,2,3,4,NA,6,7,8,9), nrow=3)

SVDmiss将为您提供SVD和填充矩阵：

S = SVDmiss(M)

SVD以$ u，$ d和$ v的形式存储在$ svd中。

S$svd$u
           [,1]        [,2]       [,3]
[1,] -0.4796712  0.77669099  0.4082483
[2,] -0.5723678  0.07568647 -0.8164966
[3,] -0.6650644 -0.62531805  0.4082483
S$svd$d
[1] 1.684810e+01 1.068370e+00 5.039188e-17
S$svd$v
           [,1]       [,2]       [,3]
[1,] -0.2148372 -0.8872307 -0.4082483
[2,] -0.5205874 -0.2496440  0.8164966
[3,] -0.8263375  0.3879428 -0.4082483

我可以通过乘以因子来重新创建M：S $ svd $ u %% diag（S $ svd $ d）%% t（S $ svd $ v）[，1] [，2] [，3] [1，] 1 4 7 [2，] 2 5 8 [3，] 3 6 9

但是，我不需要那样做，因为我的SVDfill也给了我$ Xfill中的推算/估计矩阵

S$Xfill
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    4    7
[2,]    2    5    8
[3,]    3    6    9

此功能在SpatioTemporal包中。如果您尚未安装软件包，请使用以下命令安装软件包：

install.package('SpatioTemporal')

然后在需要时使用以下方式加载：

library(SpatioTemporal)