使用 ggplot2 绘制拟合值的问题

Question

我正在使用替换系列设计，您在盆中种植两种植物，保持植物的总密度不变，但改变两种植物的比例。所以，我的盆栽土壤来自几个只有物种 1（100% 的 sp.1）的田地，盆栽有 25% 的 sp. 1 和 75% 的 sp.2，50-50% 的罐等等（75% sp.1 -25% sp.2 和 0% sp. 1 - 100% sp. 2）。这是我的数据：

Field   Serie   Rep  prop_Sp1 prop_sp2  Ysp1    Ysp2    Ysp11   Ysp22
Balaguer _2B6A  _1  0,25    0,75    0,34    0,56    1,73    0,92
Balaguer _2B6A  _2  0,25    0,75    0,46    0,55    1,73    0,92
Balaguer _2B6A  _3  0,25    0,75    0,48    0,41    1,73    0,92
Balaguer _2B6A  _1  0,25    0,75    0,13    0,57    1,19    0,82
Balaguer _2B6A  _2  0,25    0,75    0,57    0,64    1,19    0,82
Balaguer _2B6A  _3  0,25    0,75    0,56    0,74    1,19    0,82
IConv   _2B6A   _1  0,25    0,75    0,76    0,58    2,48    1,09
IConv   _2B6A   _2  0,25    0,75    0,85    0,68    2,48    1,09
IConv   _2B6A   _3  0,25    0,75    0,77    0,6 2,48    1,09
IConv   _2B6A   _1  0,25    0,75    0,47    0,41    2,15    1,01
IConv   _2B6A   _2  0,25    0,75    0,56    0,54    2,15    1,01
IConv   _2B6A   _3  0,25    0,75    0,44    0,89    2,15    1,01
Juneda  _2B6A   _1  0,25    0,75    0,41    0,35    2,53    1,13
Juneda  _2B6A   _2  0,25    0,75    0,83    0,7 2,53    1,13
Juneda  _2B6A   _3  0,25    0,75    0,95    1,06    2,53    1,13
Juneda  _2B6A   _1  0,25    0,75    0,77    0,68    2,16    0,89
Juneda  _2B6A   _2  0,25    0,75    0,47    0,67    2,16    0,89
Balaguer _4B4A* _1  0,5 0,5 1,13    0,35    1,73    0,92
Balaguer _4B4A* _2  0,5 0,5 0,95    0,49    1,73    0,92
Balaguer _4B4A* _2  0,5 0,5 0,6 0,24    1,19    0,82
IConv   _4B4A*  _1  0,5 0,5 1,19    0,6 2,48    1,09
IConv   _4B4A*  _2  0,5 0,5 1,37    0,29    2,48    1,09
IConv   _4B4A*  _3  0,5 0,5 1,36    0,35    2,48    1,09
IConv   _4B4A*  _2  0,5 0,5 1,13    0,42    2,15    1,01
IConv   _4B4A*  _3  0,5 0,5 1,32    0,37    2,15    1,01
Juneda  _4B4A*  _1  0,5 0,5 1,66    0,34    2,53    1,13
Juneda  _4B4A*  _2  0,5 0,5 1,29    0,3 2,53    1,13
Juneda  _4B4A*  _3  0,5 0,5 1,62    0,65    2,53    1,13
Juneda  _4B4A*  _1  0,5 0,5 1,73    0,23    2,16    0,89
Juneda  _4B4A*  _2  0,5 0,5 1,11    0,48    2,16    0,89
Juneda  _4B4A*  _3  0,5 0,5 1,4 0,31    2,16    0,89
Balaguer _6B2A  _1  0,75    0,25    1,39    0,03    1,73    0,92
Balaguer _6B2A  _2  0,75    0,25    1,24    0,15    1,73    0,92
Balaguer _6B2A  _1  0,75    0,25    1,69    0,18    1,19    0,82
Balaguer _6B2A  _2  0,75    0,25    1,38    0,16    1,19    0,82
Balaguer _6B2A  _3  0,75    0,25    1,09    0,17    1,19    0,82
IConv   _6B2A   _1  0,75    0,25    0,97    0,26    2,48    1,09
IConv   _6B2A   _3  0,75    0,25    2,02    0,16    2,48    1,09
IConv   _6B2A   _1  0,75    0,25    1,66    0,27    2,15    1,01
IConv   _6B2A   _2  0,75    0,25    1,68    0,17    2,15    1,01
IConv   _6B2A   _3  0,75    0,25    1,36    0,19    2,15    1,01
Juneda  _6B2A   _1  0,75    0,25    1,9 0,17    2,53    1,13
Juneda  _6B2A   _2  0,75    0,25    2,26    0,18    2,53    1,13
Juneda  _6B2A   _3  0,75    0,25    1,48    0,28    2,53    1,13
Juneda  _6B2A   _1  0,75    0,25    1,7 0,08    2,16    0,89
Juneda  _6B2A   _2  0,75    0,25    1,61    0,03    2,16    0,89
Juneda  _6B2A   _3  0,75    0,25    1,94    0,13    2,16    0,89
Balaguer _8B*   _1  1   0   1,13            
Balaguer _8B*   _2  1   0   1,66            
Balaguer _8B*   _3  1   0   2,45            
Balaguer _8B*   _1  1   0   1,45            
Balaguer _8B*   _2  1   0   2,21            
Balaguer _8B*   _3  1   0   1,54            
Balaguer _8B*   _1  1   0   1,13            
Balaguer _8B*   _2  1   0   1,42            
Balaguer _8B*   _3  1   0   1,03            
IConv   _8B*    _1  1   0   2,4         
IConv   _8B*    _2  1   0   2,23            
IConv   _8B*    _3  1   0   2,3         
IConv   _8B*    _1  1   0   2,19            
IConv   _8B*    _2  1   0   2,9         
IConv   _8B*    _3  1   0   2,35            
IConv   _8B*    _1  1   0   2,23            
IConv   _8B*    _2  1   0   2,06            
Juneda  _8B*    _1  1   0   1,95            
Juneda  _8B*    _2  1   0   2,44            
Juneda  _8B*    _3  1   0   2,44            
Juneda  _8B*    _1  1   0   2,4         
Juneda  _8B*    _2  1   0   2,69            
Juneda  _8B*    _3  1   0   2,49            
Juneda  _8B*    _1  1   0   2,45            
Juneda  _8B*    _2  1   0   1,95            
Juneda  _8B*    _3  1   0   2,08            

Ysp11 和 Ysp22 中的数字分别是所有单一培养 sp1 和 sp2 的盆的平均值。

这种设计首先由 DeWit 在 1960 年完成，参数使用以下函数建模（我首先尝试使用 sp1）：

竞争中 sp1 的产量 (Ysp1)~(单一培养中 sp1 的产量 (Ysp11) * prop_sp1 *kc)/((prop_sp1 * kc) + prop_sp2) 竞争中 sp2 的产量~(单一培养中的产量 sp2 (Ysp22) * prop_sp2 *kc)/((prop_sp2 * kc) + prop_sp1)

kc 是通过拟合模型估计的相对拥挤系数。所以我用 nls 拟合数据并使用

获得 kc 的值

CONV<-nls(Ysp1~((Ysp11 *prop_sp1  * kc)/((prop_sp1 *kc)+prop_sp2 )),data=data2,start = list(kc=1))
CONV

#> kc=1.247

然后，我得到 Ysp1 的拟合数据

fitData_CONV <- (data2$Ysp11 * data2$prop_sp1*1.247) / ((data2$prop_sp1 * 1.247) + data2$prop_sp2)
fitData_CONV

然后，我使用以下方法绘制了观察值： plot(data2$prop_blat, data2$Yblat_mix, col='black') 并想添加拟合曲线，但我不断收到错误消息。

我一直在尝试几种方法来绘制拟合数据，但它不起作用。我试过：

ggplot(data2, aes(x = prop_sp1, y = Ysp1)) + geom_point(size = 1) +
  stat_smooth(method = nls, formula = CONV, size = 1, se = FALSE, color = "black")

但是虽然我得到了观察点，但我没有得到拟合线但是我得到了警告：

警告信息： 1：在方法（公式，数据=数据，权重=权重）中： 没有为某些参数指定起始值。 将“kc”初始化为“1”。 考虑指定“开始”或使用 selfStart 模型 2：在 min(x) 中：min 没有非缺失参数；返回信息 3：在 max(x) 中：max 没有非缺失参数；返回-Inf 4：

stat_smooth()

计算失败

model.frame.default()

错误导致： ！可变长度不同（找到'（权重）'）

我知道我不完全明白我在做什么，所以我可能遗漏了一些东西，也许是因为我有一些地方没有 Ysp1，因为那些只是单一培养 sp1 的盆（？）。请你帮助我好吗？我附上了一篇发表的论文中的图表，它类似于我想要得到的。