构建 BLAST 管道时出现 Nextflow DSL2 错误

Question

''' #! /usr/bin/env nextflow

    nextflow.enable.dsl=2

    println "\nI want to BLAST $params.query to $params.dbDir/$params.dbName using $params.threads CPUs and output it to $params.outdir\n"
  
  
    process runBlast {

    script:
        """
        blastn  -num_threads $params.threads -db $params.dbDir/$params.dbName -query $params.query -outfmt 6 -out input.blastout
        """

    }


    params {
    query = "$PWD/input.fasta"
    dbDir = "$PWD/DB/"
    dbName = "blastDB"
    threads = 2
    outdir = "out_dir"
    }

我应该将什么工作流 {} 语句添加到 main.nf 文件中？基本的 BLAST 命令可以工作，但添加到命令行时不需要附加参数。我得到的错误如下：

错误〜没有这样的变量：查询

如果可以请帮忙，谢谢！

我一直在关注这个教程： https://bioinformaticsworkbook.org/dataAnalysis/nextflow/02_creatingAworkflow.html#gsc.tab=0

并使用此 DSL2 文档获取支持： https://www.nextflow.io/docs/latest/dsl2.html

Answer 1

请仔细检查该教程。

params

范围应写入

projectDir

中名为

nextflow.config

的单独文件中，而不是写入

main.nf

中。但如果你确实把它写在

main.nf

中，你需要确保它位于脚本的顶部，否则

params.query

将不会被设置。

关于您关于工作流程的问题：我认为您应该首先了解一下

Channels

的概念，而不是使用任何工作流程中编写的流程。快速浏览完该教程后，我发现很难了解 nextflow 的真正含义，并且只会向读者抛出无法开箱即用的代码片段。另外，我发现它不是很有帮助，它很早就引入了参数，但没有处理输入/输出，并且在第 9 节之前没有提到

Channels

。也许你应该从官方文档的基本概念开始？ https://www.nextflow.io/docs/latest/basic.html