是否可以从OWL（RDF / XML）文件中快速访问所有注释和子注释？

Question

因此，我在Protege中建立了一个本体，该本体具有注释和子注释。我的意思是，一个概念可能有一个定义，而该定义可能有一个注释。

所以您可能会有类似（s，p，o）：

'http://purl.fakeiri.org/ONTO/1111' --> 'label' --> 'Term'

'Term' --> 'comment' --> 'Comment about term.'

我正在尝试使用Flask应用程序使本体易于探索（我正在使用Python来解析本体文件），而且我似乎无法快速获得所有的标注和子标注。

我开始使用owlready2包，但它需要您自定义每个注释属性（您不能仅获取所有注释属性的列表，因此，如果添加random_identifier这样的属性，则必须返回代码并添加entity.random_identifier，否则它将不会被提取）。可以，很快，但是子注释需要加载IRI，然后按以下方式搜索它：

random_prop = IRIS['http://schema.org/fillerName']
sub_annotation = x[entity, random_prop, annotation_label]

[这非常慢，加载大约需要5-10分钟才能搜索大约140种子注释类型，而仅使用注释需要3-5秒。

[我决定从此处废弃owlready2，然后尝试rdflib。但是，看起来子注释只是作为BNode附加的，我不知道如何通过它们的“父”注释访问它们，或者甚至不可能。

TL; DR：有人知道如何访问条目并快速将其所有注释和子注释收集到XML / RDF本体文件中吗？

编辑1：

正如所建议的，这是本体的摘要：

    <!-- http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C42610 -->

    <owl:Class rdf:about="http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C42610">
        <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C42698"/>
        <obo:IAO_0000115 xml:lang="en">A shortened form of a word or phrase.</obo:IAO_0000115>
        <oboInOwl:hasDbXref rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#anyURI">https://en.wikipedia.org/wiki/Abbreviation</oboInOwl:hasDbXref>
        <rdfs:label xml:lang="en">abbreviation</rdfs:label>
        <schema:alternateName xml:lang="en">abbreviations</schema:alternateName>
        <Property:P1036 rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#integer">411</Property:P1036>
    </owl:Class>
    <owl:Axiom>
        <owl:annotatedSource rdf:resource="http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C42610"/>
        <owl:annotatedProperty rdf:resource="https://www.wikidata.org/wiki/Property:P1036"/>
        <owl:annotatedTarget rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#integer">411</owl:annotatedTarget>
        <schema:bookEdition rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#integer">20</schema:bookEdition>
    </owl:Axiom>

非常感谢你们！

Answer 1

从您的问题中我得出结论，“子批注”级别只有一个级别。如果是这种情况，您可以按照以下步骤执行SPARQL查询：

SELECT ?annProp ?annValue ?subAnn ?subValue
WHERE { 
   ?annProp a owl:AnnotationProperty .
   <the:concept> ?annProp ?annValue . 
   OPTIONAL { ?annValue ?subAnn ?subValue . }
}

这将检索给定概念the:concept的所有注释属性及其值，并且，可选地，如果该注释具有“子注释”，则还将检索该子注释。

Answer 2

“ XPath表达式，这是一种将搜索指定为XML结构的方法，也许可以完成工作。

参见：

How to use Xpath in Python?

https://docs.python.org/2/library/xml.etree.elementtree.html#xpath-support

如果您具有XML结构中的数据，则XPath可能可以遍历树（为您...）并检索感兴趣的节点。