如何在bcftools中使用插件命令？

Question

我的目标是使用bcftools来检查我的数据集（vcf文件）中的参考等位基因与使用fixref插件的参考基因组（fasta文件）是否匹配。

在命令行上工作，我首先设置了以下环境。

export BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins

下面的代码建议用于测试数据集与不匹配。

bcftools +fixref test.bcf -Ob -o output.bcf -- -f ref.fa -m top

当我用自己的文件运行这段代码时（请注意我的数据是.vcf，而不是.bcf），我得到以下错误。

[main] Unrecognized command

如果我简单地输入:

bcftools

我得到一个列表，里面只有5个命令（view, index, cat, ld, ldpair）可以使用。因此，虽然我已经设置了环境，但是否需要以某种方式激活它？我需要通过一个bash脚本来运行我的命令吗？

Answer 1

bcftools

是指向.bin中的一个过时的bcftools版本（0.1.19），而

BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins

是指向bcftools的插件版本1.10.2外斌

将.binbcftools (0.1.19替换为1.10.2)进行了修复。