集群中使用Singularity存储图像遇到错误

Question

我试图让自己熟悉与我们的集群相关的操作，所以我尝试在那里使用奇点。我在将特定的 docker 映像拉入集群中的奇点时遇到问题。我已完成以下步骤：

cd /scratch/$USER
mkdir -p singularity/{cache,temp}
mkdir my_containers
module load singularity/3.7.2
export SINGULARITY_CACHEDIR=/scratch/$USER/singularity/cache
export SINGULARITY_TMPDIR=/scratch/$USER/singularity/temp
cd my_containers
singularity pull ./cms7poet.sif docker://cmsopendata/cmssw_7_6_7-slc6_amd64_gcc493

blob OCI 转换为 SIF 后，具体说一下

Writing manifest to image destination
Storing signatures
... warn xattr{mnt}
... warn xattr{lib}
... warn rootless{rootfs/}
...

然后它会抛出一堆警告，并在一天结束时返回错误

While making image from oci registry: error fetching image to cache: while building SIF from layers: packer failed to pack: while unpacking tmpfs: error unpacking rootfs: unpack layer: unpack entry: var/lib/yum/yumdb/m/d1e78f5adcafeb6c7d05cf71d17fb5196f487db5-mesa-libgbm-11.0.7-4.el6-x86_64/checksum_type: link: unpriv.link: unpriv.wrap target: too many links

我尝试从一开始就添加

chmod -R 777 [directory]

，但没有成功。我也尝试先用谷歌搜索这个问题，但从未得到具体的答案。有谁知道如何解决这种错误？我使用的奇点可用版本是3.7.2版本，docker镜像来自CERN。

Answer 1

该错误可能是由于在主目录或临时目录中运行构建命令引起的。尝试使用选项

/tmp

将临时目录设置为

--tmpdir

。

singularity pull --tmpdir=/tmp ./cms7poet.sif docker://cmsopendata/cmssw_7_6_7-slc6_amd64_gcc493

检查https://rcifw.github.io/software/singularity.html。