snakemake输出中的lambda函数

Question

我目前有一个蛇形工作流程，需要使用lambda通配符，设置如下：

Snakefile：

configfile: "config.yaml"
workdir: config["work"]

rule all:
    input:
        expand("logs/bwa/{ref}.log", ref=config["refs"])

rule bwa_index:
    input:
        lambda wildcards: 'data/'+config["refs"][wildcards.ref]+".fna.gz"
    output:
        "logs/bwa/{ref}.log"
    log:
        "logs/bwa/{ref}.log"
    shell:
        "bwa index {input} 2&>1 {log}"

配置文件：

work: /datasets/work/AF_CROWN_RUST_WORK/2020-02-28_GWAS

refs:
    12NC29: GCA_002873275.1_ASM287327v1_genomic
    12SD80: GCA_002873125.1_ASM287312v1_genomic

这有效，但是我不得不使用技巧来使bwa_index的输出与all的输入一起播放。我的技巧是生成一个日志文件，作为bwa_index的一部分，将日志设置为bwa_index的输出，然后将all的输入设置为这些日志文件。就像我说的那样，它有效，但是我不喜欢它。问题是bwa_index的真实输出具有格式，例如GCA_002873275.1_ASM287327v1_genomic.fna.sa。因此，要指定这些输出文件，我需要对输出使用lambda函数，例如：

rule bwa_index:
    input:
        lambda wildcards: 'data/'+config["refs"][wildcards.ref]+".fna.gz"
    output:
        lambda wildcards: 'data/'+config["refs"][wildcards.ref]+".fna.sa"
    log:
        "logs/bwa/{ref}.log"
    shell:
        "bwa index {input} 2&>1 {log}"

，然后将具有扩展功能的lambda函数用作rule all的输入。但是，snakemake将不接受函数作为输出，因此我完全不知道如何执行此操作（除了我的hack之外）。有没有人提出明智的解决方案的建议？ TIA！

Answer 1

您可以在输入中使用一个简单的python函数（作为lambda函数），所以我建议您将其用于规则all。