如何在C++中使用HDF5存储多个二维char数组？

Question

我想把多个二维char数组写入一个HDF5数据集。在下面的代码中，一个结构中有两个数组，我把(std::copy) "hello "s放到一个数组中()name)和 "嗨 "的对方(nicknams). 我以为结果会是这样的。

(b'hello', b'hey')
(b'hello', b'hey')
(b'hello', b'hey')
(b'hello', b'hey')

但当我实际运行这段代码时，结果是这样的：

(b'hello', b'hey')
(b'(\xae\nVD\xae\nV\xff\xff', b'\xdc\x82\nV\x12\xd2\xfcv\x8f\x01')
(b'\x04', b'\x01') 
(b'$\xf8O', b'9\x08\xd2\xd5\xb4\xf8O')]

由于第一行看起来很好，我猜测在向数据集写入数组时，空字符有问题。我查了一下官方网页上的示例代码(https:/support.hdfgroup.orgHDF5examples。)，但我还是不明白这个问题从何而来。我想知道问题出在哪里，如何解决这个问题。

#include "pch.h"
#include <iostream>
#include "H5Cpp.h"

using namespace H5;

const H5std_string MEMBER1("name");
const H5std_string MEMBER2("nickname");

struct newStruct1 {
    char        name[4][10]{};
    char        nickname[4][10]{};
};


void struct_to_dataset(newStruct1 *ptr_struct)
{        
    H5File file("file.h5", H5F_ACC_TRUNC);

    hid_t dtype_str = H5Tcopy(H5T_C_S1);
    size_t size = 10 * sizeof(char);                    
    H5Tset_size(dtype_str, size);

    hsize_t dim[] = { 4 };   
    DataSpace space(1, dim);

    CompType mtype1(sizeof(newStruct1));
    mtype1.insertMember(MEMBER1, HOFFSET(newStruct1, name), dtype_str);
    mtype1.insertMember(MEMBER2, HOFFSET(newStruct1, nickname), dtype_str);

    DataSet dataset = file.createDataSet("dset", mtype1, space);

    dataset.write(ptr_struct, mtype1);  
}

int main()
{
    newStruct1 struct01;
    newStruct1 *ptr01 = &struct01;

    char word1[10] = { "hello" };
    char word2[10] = { "hey" };

    for (int i = 0; i < 4; i++) {
        std::copy(word1, word1 + 10, ptr01->name[i]);
        std::copy(word2, word2 + 10, ptr01->nickname[i]);
    }

    struct_to_dataset(ptr01);
}

Answer 1

请看一下 HDFql 因为它可以减轻你处理HDF5复合数据集的低级细节。使用C++中的HDFql，你的问题可以得到如下解决。

// define structure
struct data
{
    char name[10];
    char nickname[10];
};


// declare variables
char script[1024];
struct data values[4];
int i;


// create an HDF5 file named "file.h5"
HDFql::execute("CREATE FILE file.h5");


// use (i.e. open) HDF5 file "file.h5"
HDFql::execute("USE FILE file.h5");


// create a dataset named "dset" of data type compound of one dimension (size 4) composed of two members (name and nickname)
HDFql::execute("CREATE DATASET dset AS COMPOUND(name AS CHAR(10), nickname AS CHAR(10))(4)");


// populate variable "values"
for(i = 0; i < 4; i++)
{
    memcpy(values[i].name, "hello\0\0\0\0\0", 10);
    memcpy(values[i].nickname, "hey\0\0\0\0\0\0\0", 10);
}


// insert (i.e. write) values from variable "values" into dataset "dset"
sprintf(script, "INSERT INTO dset VALUES FROM MEMORY %d", HDFql::variableTransientRegister(values));
HDFql::execute(script);

关于如何使用HDFql的更多细节和例子可以在以下文章中找到 参考手册.