是否有一种方法可以在r中自动重新安装软件包及其依赖项？

Question

所以我在Rstudio上使用installR将R更新到版本4.0.0，它将包中的文件复制到R中的库文件中，目录为：C:\Users\Ibrahim\Documents\R\R-4.0.0\library

[每当我调用一个程序包时，例如tidytext，它都会给我：

library(tidytext)
Error: package or namespace load failed for ‘tidytext’:
 package ‘tidytext’ was installed before R 4.0.0: please re-install it 

然后我会尝试安装它，它会给我：

install.packages('tidytext')
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:

https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.0/tidytext_0.2.4.zip'
Content type 'application/zip' length 3008780 bytes (2.9 MB)
downloaded 2.9 MB

package ‘tidytext’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\Ibrahim\AppData\Local\Temp\Rtmpmo5Lza\downloaded_packages

再次调用会得到：

library(tidytext)
Error: package or namespace load failed for ‘tidytext’:
 package ‘tokenizers’ was installed before R 4.0.0: please re-install it

而且我将继续安装下一个依赖项并重新调用该程序包，直到最终起作用为止。

我尝试使用我发现的这段代码将其自动化：

lib_loc <- "C:/Users/Ibrahim/Documents/R/R-4.0.0/library"
to_install <- unname(installed.packages(lib.loc = lib_loc)[, "Package"])
to_install
install.packages(pkgs = to_install)
install.packages(pkgs = to_install, dependencies=T, INSTALL_opts='--no-lock')

这会在目录中创建一堆.zip文件：C:\Users\Ibrahim\AppData\Local\Temp\Rtmpmo5Lza\downloaded_packages

但是一段时间后，它最终锁定，在初始/ library目录中创建一个名为00LOCK的文件夹/文件，并停止该过程。

然后我将其删除，但是当我再次运行代码时，我想也许它会重做许多已经完成的文件，并且最终仍然会再次锁定。我做错什么了吗？有办法解决这个问题吗？手动执行是非常痛苦的。我应该重新安装RStudio吗？我失去了希望。

Answer 1

某些R软件包在将R升级到较新版本后确实需要重新编译。这可能是您的情况。要重新安装和更新这些old软件包（即在R的早期版本下构建的软件包），您可以尝试在R控制台中运行以下代码：

update.packages(ask = FALSE,
                checkBuilt = TRUE)

ask参数防止R不断要求您确认每个软件包的每次更新，而checkBuilt参数是重新安装在R的早期版本下构建的所有软件包。

更多信息，请参见documentation或在RStudio的R控制台中键入?update.packages。希望这会有所帮助！