使用R将聚合应用于定义的函数

Question

我正在使用R编写聚合函数，我需要调用聚合定义函数peakdet_new。

peakdet_new <- function(dmx, v, x = NULL)
{
 ....

  if(nrow(data.frame(list(maxtab = maxtab)))== 1)
  {
    data.frame(DataMatrix=c(unique(dmx)), Status=c("OK"))
  } else
  {
    data.frame(DataMatrix=c(unique(dmx)), Status=c("NOK"))
  }
  #list(maxtab = maxtab) #,mintab = mintab)
  #return(maxtab)
  # if(nrow(data.frame(list(maxtab = maxtab)) >= 1))
  #        {
  #          return(print("NOK"))
  #        } else
  #          {
  #          return(print("OK"))
  #        }

}

什么给了我输出：

peakdet_new(DMX_$DataMatrix, DMX_$X, DMX_$Y)
                        DataMatrix Status
1 00003275216311504500-A1820800306    NOK

这是我的桌子

DataMatrix  X   Y
00003275216311504500-A1812300356    0.23    30000
00003275216311504500-A1812300356    0.23    30483
00003275216311504500-A1829600367    0.41    30000
00003275216311504500-A1829600367    0.42    30483

而问题是我不知道如何应用peakdet_new来聚合函数，低于我所做的

data.agg <- aggregate(DMX_together[c('X', 'Y')], by = DMX_together['DataMatrix'], FUN = peakdet_new(DMX_together$DataMatrix, DMX_together$X, DMX_together$Y))
Error in match.fun(FUN) : 
  'peakdet_new(DMX_together$DataMatrix, DMX_together$X, DMX_together$Y)' is not a function, character or symbol

没有争论

data.agg <- aggregate(DMX_together[c('X', 'Y')], by = DMX_together['DataMatrix'], FUN = peakdet_new)
Error in FUN(X[[i]], ...) : argument "v" is missing, with no default

我期待聚合函数的输出：

   DataMatrix                         Status
1 00003275216311504500-A1820800306    NOK
2 00003275216311504500-A1829600367    NOK

Answer 1

由于您需要在整个数据框架上运行操作，因此请考虑使用每个不同DataMatrix的peakdet_new子集调用by。另一方面，aggregate通常期望按因子切片的单位水平向量返回聚合向量（后来与数据帧返回的分组因子结合）。

调用by将对每个子集化数据帧运行操作以构建列表（等于子集的唯一值），然后您可以将所有元素rbind转换为单个数据帧：

df_list <- by(DMX_, DMX_$DataMatrix, function(sub) 
                peakdet_new(sub$DataMatrix, sub$X, sub$Y))

final_df <- do.call(rbind, unname(df_list))