计算转换次数

Question

我有一个如下所示的数据集。每个患者有 3 次就诊，他们可以在每次就诊的 3 种状态之间转换。

ID <- c(1,1,1,2,2,2,3,3,3)
Visit <- c(1,2,3,1,2,3,1,2,3)
State <- c(2,1,1,3,2,1,2,3,1)

我想制作一个数据框来计算从访问 1 到访问 2 的状态转换次数。对于访问 1 到访问 2，矩阵将类似于：（行代表访问 1 时的状态，列代表访问 1 时的状态）访问时的状态 2. 对角线上的条目 代表未转换的参与者数量）

Answer 1

A

tidyverse

方法：

data.frame(ID = c(1,1,1,2,2,2,3,3,3),
           Visit = c(1,2,3,1,2,3,1,2,3),
           State = c(2,1,1,3,2,1,2,3,1)) |>

  # identify the next State within each ID
  mutate(next_State = lead(State), .by = ID) |>
  # we only want when Visit is 1
  filter(Visit == 1) |>
  # How many of each State / next_State?
  count(State, next_State) |>
  # add in any missing combinations with n = 0
  complete(State = 1:3, next_State = 1:3, fill = list(n=0)) |>
  # reshape wide
  pivot_wider(names_from = next_State, values_from = n)

结果

# A tibble: 3 × 4
  State   `1`   `2`   `3`
  <dbl> <int> <int> <int>
1     1     0     0     0
2     2     1     0     1
3     3     0     1     0