从具有阈值的距离矩阵创建图形

Question

我已经计算了我的观察之间的 Jaccard 距离矩阵，并得到了一个对角线距离矩阵，当且仅当 Jaccard 距离大于 0.5

时，我如何生成一个图（netowrkx 图），其中两个节点（观察）之间有一条边

例如，如果我有以下距离矩阵：

    A,   B,   C
 A  1    0.4  0.7
 B  0.4  1    0.6
 C  0.7  0.6  1

我将得到一个图表，其中 A 连接到 C 但不连接到 B ,B 连接到 C , C 连接到 A 和 B

Answer 1

查看 NetworkX 库的

from_numpy_array()

https://networkx.org/documentation/stable/reference/generated/networkx.convert_matrix.from_numpy_array.html

import networkx as nx
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt


weights = np.array([[1, 0.4 , 0.7], [0.4, 1, 0.6], [0.7, 0.6, 1]])
G = nx.from_numpy_array(weights)


def draw_graph(G):
    pos = nx.spring_layout(G)
    default_axes = plt.axes(frameon=True)
    nx.draw_networkx(G, pos = pos, node_size=1000, alpha=0.8, ax=default_axes)
    edge_labels = nx.get_edge_attributes(G, "weight")
    nx.draw_networkx_edge_labels(G, pos = pos, edge_labels=edge_labels)


draw_graph(G)