SGE 批处理文件未读取 .bashrc 和 conda 命令未找到

Question

我有多个

conda

环境运行良好。当我尝试使用

qsub

向 SGE 提交作业时，未读取

.bashrc

文件。批处理脚本如下所示：

#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -l h_cpu=48:00:00
#$ -l h_vmem=2048M
#$ -q pascal@pascal-[0123]-0[01234567]
## allocate the number of cores:
#$ -pe mpi 1
setenv OMP_NUM_THREADS 1

conda activate my_env
python ./test.py

我收到错误：

conda: Command not found.

此外，它找不到像

export

.

这样的 bash 命令

source ~/.bashrc

或

source ~/.bash_profile

没有帮助。

如果我使用

qsub -V ....

，代码会以某种方式运行，但它说

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

但是，由于一些外部原因，我不想使用

qsub -V

。

我是这个集群的新手，所以我一无所知。我只是希望能够在批处理脚本中的不同

conda enviroments

之间自由选择。请帮助。