使用 FSL 对 fMRI 图像进行下采样 [关闭]

Question

我有一组功能磁共振成像图像。一组的尺寸为 90 x 60 x 12 x 350，体素尺寸为 1 x 1 x 1 毫米（350 个体积）。另一组的尺寸为 80 x 35 x 12 x 350，体素尺寸为 0.2 x 0.2 x 0.5 毫米。我使用其中一张图像作为注册的参考图像。由于分辨率差异，注册失败（调情）。所以我必须首先下采样或上采样。我尝试过以下方法：

调情-输入图像\ -ref good_size_image \ -out 输出图像\ -applyxfm \ -init /usr/share/fsl/5.0/etc/flirtsch/ident.mat

这不起作用，不适用于下采样，不适用于上采样。

我应该如何进行正确的下采样/上采样？

Answer 1

如果我理解正确，那么您的图像的空间范围是

(a)

9 x 6 x 1.2 cm^3 和

(b)

1.6 x 0.7 x 0.6 cm^3？这些都很小而且很不同。我可以想象，如果图像 2 覆盖了图像 1 的一个非常具体的子区域（因为它小得多），您可能需要给出一个良好的起始估计才能获得正确的结果。

如果

input_image

具有尺寸

(b)

并且

good_size_image

具有尺寸

(a)

，则调用

flirt -in input_image 
      -ref good_size_image 
      -out output_image 
      -applyxfm 

（在这种情况下，

init

选项并不是绝对必要的），

您的输出将是在更大的体素中显示更小的空间的图像。我假设输出图像具有参考图像的大小（这就是参考图像的想法），但其中大部分是空的。切换

(a)

和

(b)

没有意义，因为参考图像的空间只能覆盖输入的一小部分。您需要先注册。

您可能想尝试使用选项

applyisoxfm

，它将图像重新采样为给定大小的立方体素。

flirt -in small_image -ref small_image -out small_1mm -applyisoxfm 1

会将覆盖空间 (b) 的图像重新采样为 1x1x1 mm^3。同样，对于如此小的空间来说，这可能是粗略的分辨率。也许可以将两个图像重新采样为 0.5 毫米各向同性，然后注册？

对于这些问题，FSL 邮件列表 是一个更好的选择 寻求帮助的地方。

Answer 2

您是否尝试过使用 fslmaths -subsamp2 命令？