samtools view -F 选项似乎不起作用

Question

Samtools版本： 萨姆工具 1.13 使用 htslib 1.13+ds

请描述您的环境。

• Windows CPU运行Ubuntu 22.04.3环境
• 机器架构（在 Linux/Mac OS 上运行

  uname -m

  或在 Windows 上运行

   wmic os get OSArchitecture

  ）
• ^ ubuntu cmd 的结果：x86_64
• ^ Windows cmd 的结果： 操作系统架构 64 位
• gcc（Ubuntu 11.3.0-1ubuntu1~22.04.1）11.3.0

嗨， 我正在尝试根据读取的方向性分离 bam/sam 文件。 Samtools 没有办法从对齐的 sam/bam 文件到我能找到的参考序列执行此操作。我尝试的解决方法是使用 samtools view -F 或 -f 选项来尝试根据对齐标志来分离读取。我使用 -o 选项是因为如果要发生任何更改，我需要发生输出。我遇到的大问题是，我的命令似乎根本没有执行任何操作。

$samtools视图-o -F对齐输入.bam 没有任何类型的输出消息，没有错误，在我的文件资源管理器中没有生成新文件，没有对我的文件资源管理器中的现有文件进行修改

同样，-f 版本也做了同样的事情： $samtools视图-o -f对齐输入.bam 没有任何类型的输出消息，没有错误，在我的文件资源管理器中没有生成新文件，没有对我的文件资源管理器中的现有文件进行修改

我尝试了该命令的详细版本： $samtools view -o --require-flagsaligned-input.bam 没有输出消息或错误，这个确实生成了一个新的输出文件，但它不是 SAM 或 BAM 文件，它只是列为文件类型“文件”，其名称是“--require-flags”，清楚地表明选项未按预期发挥作用。

其他详细版本也是如此： $samtools view -o --excl-flagsaligned-input.bam 没有输出消息或错误，这个确实生成了一个新的输出文件，但它不是 SAM 或 BAM 文件，它只是列为文件类型“文件”，其名称是“--excl-flags”，清楚地表明选项未按预期发挥作用。

我尝试以多种不同的方式指定一个标志（只是为了让它做任何事情）： $samtools 查看 -o -f 0x4 对齐输入.bam 返回输出：“[E::hts_open_format] 无法打开文件“0x4”：没有这样的文件或目录 samtools视图：无法打开“0x4”进行读取：没有这样的文件或目录”

^无论我尝试什么标签，无论是十六进制格式还是八进制格式，都会发生相同的输出，并且它对于 -F 和 -f 也执行相同的操作。

如何让 $samtools view -o -F（或 -f）aligned-input.bam 执行某些操作？或者，如果我找错了树，有没有人知道如何根据标志分离 .bam 或 .sam 文件。 谢谢您的宝贵时间，希望能得到答复！

Answer 1

在 samtools 的 github“问题”上回答：https://github.com/samtools/samtools/issues/1994#issuecomment-1952477530

翻转顺序不会改变任何事情。重要的是缺少一个参数。

-o FILE -F FLAG

，不是

-o -F

或

-F -o

。