更改 HeatmapAnnotation 对象的名称

Question

我正在按照正常方式执行

ComplexHeatmap

，现在唯一的区别是我将它放在一个函数内，该函数将我想要研究的变量名称作为输入（在下面的MWE中：

Species

）。

请参阅 MWE 中的

my_var

变量。从字面上看，我唯一想做的就是能够将此变量作为名称分配给

HeatmapAnnotation

对象（定义列注释）。

我无法执行以下操作，因为变量的名称（在本例中为

Species

）存储在

my_var

中：

column_ha <- ComplexHeatmap::HeatmapAnnotation(
  Species = meta_df$Species,
  col = list(Species = col_vector))

相反，我尝试做的是使用占位符名称，然后尝试用

column_ha

更改

my_var

名称，如下所示：

col_list <- list(VAR = col_vector)
names(col_list) <- my_var
column_ha <- ComplexHeatmap::HeatmapAnnotation(
  VAR = meta_df[,my_var],
  col = col_list)
names(column_ha) <- my_var

这没有任何作用。我可以在热图中看到 VAR，并且物种的颜色都乱了。

这是我的MWE：

data(iris)
my_var <- 'Species'
iris_sub <- rbind(iris[iris[,my_var]=='setosa',][1:5,],
                  iris[iris[,my_var]=='versicolor',][1:5,],
                  iris[iris[,my_var]=='virginica',][1:5,])
heat_mat <- t(as.matrix(iris_sub[,-ncol(iris_sub)]))
#
meta_df <- data.frame(ID=paste0("id",rownames(iris_sub)), VAR=iris_sub[,ncol(iris_sub)])
names(meta_df)[2] <- my_var
colnames(heat_mat) <- meta_df$ID
#
palette1 <- RColorBrewer::brewer.pal(n=9, name="RdYlGn")
col_vector <- RColorBrewer::brewer.pal(3, 'Set1')
col_vector <- stats::setNames(col_vector, levels(meta_df[,my_var]))
#
col_list <- list(VAR = col_vector)
names(col_list) <- my_var
column_ha <- ComplexHeatmap::HeatmapAnnotation(
  VAR = meta_df[,my_var],
  col = col_list)
names(column_ha) <- my_var
#
complex_heat <- ComplexHeatmap::Heatmap(heat_mat, name = "value", cluster_columns = FALSE,
                                        col = palette1,
                                        top_annotation = column_ha,
                                        border = TRUE)
grDevices::png(filename="test.png", height=400, width=600)
ComplexHeatmap::draw(complex_heat)
grDevices::dev.off()

这会产生以下热图：

...这都是错误的。看到占位符名称 VAR 仍然存在，并且顶部列注释中的物种颜色全部错误（不是

col_vector

，应该是

Set1

红、蓝、绿）。

所以问题是：如何为

HeatmapAnnotation

对象分配新名称？

请注意，如果我没有将名称

Species

存储在

my_var

变量中，它可以正常工作，因此我在代码中看不到问题。

请参阅此 MWE，了解最终热图应该是什么样子（这里它有效，因为我没有将名称

Species

存储在

my_var

变量中）：

data(iris)
iris_sub <- rbind(iris[iris[,'Species']=='setosa',][1:5,],
                  iris[iris[,'Species']=='versicolor',][1:5,],
                  iris[iris[,'Species']=='virginica',][1:5,])
heat_mat <- t(as.matrix(iris_sub[,-ncol(iris_sub)]))
#
meta_df <- data.frame(ID=paste0("id",rownames(iris_sub)), Species=iris_sub[,ncol(iris_sub)])
colnames(heat_mat) <- meta_df$ID
#
palette1 <- RColorBrewer::brewer.pal(n=9, name="RdYlGn")
col_vector <- RColorBrewer::brewer.pal(3, 'Set1')
col_vector <- stats::setNames(col_vector, levels(meta_df$Species))
#
column_ha <- ComplexHeatmap::HeatmapAnnotation(
  Species = meta_df$Species,
  col = list(Species = col_vector))
#
complex_heat <- ComplexHeatmap::Heatmap(heat_mat, name = "value", cluster_columns = FALSE,
                                        col = palette1,
                                        top_annotation = column_ha,
                                        border = TRUE)
grDevices::png(filename="test.png", height=400, width=600)
ComplexHeatmap::draw(complex_heat)
grDevices::dev.off()

这会产生以下正确的热图，当我将名称

Species

存储在

my_var

变量中时，我想重现该热图：

Answer 1

你们非常亲密。您可以将数据框传递给

HeatmapAnnotation

，对于数据框，可以很容易地将列名称更改为

my_var

。

library(ComplexHeatmap)
data(iris)
my_var <- 'Species'
iris_sub <- rbind(iris[iris[,my_var]=='setosa',][1:5,],
                  iris[iris[,my_var]=='versicolor',][1:5,],
                  iris[iris[,my_var]=='virginica',][1:5,])
heat_mat <- t(as.matrix(iris_sub[,-ncol(iris_sub)]))
#
meta_df <- data.frame(ID=paste0("id",rownames(iris_sub)), VAR=iris_sub[,ncol(iris_sub)])
names(meta_df)[2] <- my_var
colnames(heat_mat) <- meta_df$ID
#
palette1 <- RColorBrewer::brewer.pal(n=9, name="RdYlGn")
col_vector <- RColorBrewer::brewer.pal(3, 'Set1')
col_vector <- stats::setNames(col_vector, levels(meta_df[,my_var]))
#
col_list <- list(VAR = col_vector)
names(col_list) <- my_var
column_ha_df <- data.frame("place_holder" = meta_df[,my_var])
colnames(column_ha_df) <- my_var
column_ha <- ComplexHeatmap::HeatmapAnnotation(
  df = column_ha_df,
  col = col_list
)

complex_heat <- ComplexHeatmap::Heatmap(heat_mat, name = "value", cluster_columns = FALSE,
                                        col = palette1,
                                        top_annotation = column_ha,
                                        border = TRUE)

draw(complex_heat)