根据 R 中 csv 中的文件名读取栅格子集

Question

我在一个文件夹中有大约 4000 个栅格 (tif)。每个tis显示一个物种的分布。 tif 的文件名是物种名称。我想根据文件夹中的物种子集制作物种丰富度图。我有一个 csv 文件，其中包含我想要子集化的物种的文件名。我如何根据 csv 中列出的文件名读入 tifs 的子集？我还需要将 tifs 的子集导出到另一个文件夹。

我在网上做了很多搜索，但找不到任何有用的东西。

非常感谢您的帮助！

这是我的tif文件：

> head(f)
[1] "Abies_alba.tif"            "Abies_cephalonica.tif"     "Abies_nebrodensis.tif"     "Ablepharus_budaki.tif"    
[5] "Ablepharus_chernovi.tif"   "Ablepharus_kitaibelii.tif"

这是我的 csv：

> head(csv)
           BINOMIAL
1        Abies_alba
2 Abies_cephalonica
3 Abies_nebrodensis

Answer 1

您可以循环存储在 csv 中的值并使用

paste0

函数来制作路径：

library(raster)
library(ggplot2)
library(rasterVis)

origin_folder <- "C:/origin/"
destination_folder <- "C:/destination/"
csv_list <- data.frame(files = c("filename1", "filename2"))

# Loop over each filename 
for (i in csv_list$files){
  # Read the file from the origin folder
  specie <- raster(paste0(origin_folder, i, ".tif"))

  # Plot the heatmap
  gplot(specie) + geom_tile(aes(fill = value))
 
  # Save the file in the destination folder
  writeRaster(specie, paste0(destination_folder, i, ".tif"))
}

Answer 2

使用下面的帮助，这是有效的代码：

origin_folder <- "C:/origin/"
destination_folder <- "C:/destination/"
csv <- read.csv("C:/CSV location.csv")

# Loop over each filename 
for (i in csv$BINOMIAL){
  # Read the file from the origin folder
  specie <- raster(paste0(origin_folder, i, ".tif"))
  
  # Save the file in the destination folder
  writeRaster(specie, paste0(destination_folder, i, ".tif"))
}